MPQ模块在宿主细胞蛋白（HCP）表征中的进展

引言

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在此，我们推出全新的多蛋白定量(MPQ)软件工作流程。该Workflow可处理GB级大规模输入数据，并基于样本重复实验生成自动化分析结果，实现对数千种蛋白质的精准定量测量。MPQ模块既可以部署于Protein Metrics公司的Byos桌面软件平台，也可以在Byosphere®云端平台上运行。

本研究中，我们开展了两项基于NIST样本的MAM对比研究。利用MPQ工作流程，我们分析了来自不同实验室及不同样本条件下的样本，并在全蛋白质组维度上对宿主细胞蛋白(HCP)进行了全面鉴定、定量及报告。

供应商中立的定制化工作流程，助力数千种蛋白质的精准鉴定与定量分析：

多蛋白定量(MPQ)

快速分析，即时显示复杂蛋白质混合物的相对丰度
一次性对数千种蛋白质进行无标记定量分析
以蛋白质为中心的分析
动态过滤功能使分析人员能够在项目创建期间和之后控制肽段定量

多蛋白预览以自动评估样本状态

质谱校准/性能
酶切特异性
烷基化效率
样本质量/意外杂质

多蛋白鉴定以搜索和鉴定数千种蛋白质

以蛋白质为中心的布局
重点审查
更快速的结果验证
由创建突破性Byonic算法的同一团队开发

动态筛选功能与蛋白质导向可视化界面：

筛选功能使分析人员能够在项目创建期间(Figure 1a)和之后 (Figure 1b) 控制肽段定量。

版本5.8中的新功能-protein centric view，可在检查视图的左下角查看。

鉴定与定量动态检查

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两个案例研究：NIST MAM对比研究

Figure 2a：来自四个不同实验室的四台不同仪器在四种不同条件下（[(1) 参考条件，(2) pH条件，(3) 加标条件，(4) 未知条件]）检测的样本中，所有已鉴定蛋白质的归一化XIC面积总和。数据显示，各台仪器检测到的NIST mAb重链（绿色）和轻链（蓝色）的相对含量较为相似。值得注意的是，在实验室A-2的pH条件样本和实验室B-1至B-4的样本中，均检测到肉眼可见量的HCPs。

Figure 2b：样本中已鉴定的低丰度HCPs的归一化XIC面积总和的放大堆叠柱状图。自动生成的报告支持全蛋白质组的蛋白质鉴定，并提供简洁的、以蛋白质为中心的审查功能。

Figure 3：来自5个实验室的数据集（包含4种不同条件）的检查视图，展示了使用“Match Between Runs”功能整合的XIC，以对齐20个数据集中的肽段鉴定结果并校正不同的保留时间。版本5.8中的新功能“protein centric view”，允许分析人员快速筛选和查询特定蛋白质。

检查视图与自动生成的报告相结合，通过分析质谱仪的精度和分辨率以及酶切效率，可快速评估样本制备质量。

Dashboards界面支持对

HCPs的深度查询监控

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Dashboards对生物制药研发全流程中的HCPs水平进行动态监控，涵盖从早期细胞系开发到生物工艺优化、抗体纯化，直至向FDA提交新药申请，以及最终的药物纯度验证和细胞治疗样本特征分析的各个阶段。