各位尊敬的老师，上期小编给大家带来了AAV表征中的分子量及肽图的应用案例，本期继续给大家带来核苷酸质谱检测的实际案例，本次案例由PMI公司和Agilent公司联合发布，前期实验及数据采集由Agilent公司完成，数据分析由PMI公司完成。 寡核苷酸指的是一类的短链核苷酸，它们通常有16-50个碱基。因为其可以通过基因沉默、剪接调节、基因编辑等作用来影响基因的表达，从而改变蛋白功能。因此，作为药物时，可以治疗多种疾病。但是其发展依然还存在许多挑战，比如如何保持寡核苷酸稳定的结构，从而保留被功能酶及功能蛋白所识别的能力。那么今天就为大家介绍下，质谱分析可以如何快速准确地分析寡核苷酸。 DAY POSTER 联系我们 对软件数据呈现及分析实际操作感兴趣的老师，欢迎扫描上方二维码留下您的信息或联系PMI中国区负责人：王蕾，13482181958，我们将竭诚为您带来专业的表征分析体验。
AAV是由一个二十面体蛋白外壳和一个大约4.7千碱基(kb)的单链基因组构成。衣壳由三种病毒蛋白(VPs)构成:VP1、VP2和VP3。完整AAV作为保护和递送寡核苷酸治疗剂的载体。 AAV衣壳蛋白(VPs) 对病毒感染性和载体效力至关重要，对AAV载体的组成病毒衣壳蛋白进行完整表征，包括其序列和翻译后修饰(PTM)，来确保AAV产品的质量和一致性是非常重要的。并且，用于基因治疗的临床级AAV载体的cGMP 生产中，需要AAV载体具有良好的特征。AAV血清型的鉴定测试是确保产品安全性和有效性的关键表征分析之一。 今天小编为大家带来区别于传统SDS‐PAGE、ELISA或者Western blot等，基于LC-MS进行肽图及完整分子量的分析应用文集，帮助您可以更快速找到样品间的差异。 有需要中文完整版的老师，请点击文末”阅读原文”留下您的信息或者联系PMI中国区负责人: 王蕾 13482181958 参考文献： Jin X, Liu L, Nass S, O’Riordan C, Pastor E, Zhang XK. Direct Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis for Complete Characterization of Recombinant Adeno-Associated Virus Capsid Proteins. Hum Gene Ther Methods. 2017 Oct;28(5):255-267. doi: 10.1089/hgtb.2016.178. Epub 2017 Jun 16. PMID: 28627251. 点击“阅读原文”,索取完整全文
抗体从头测序在生物制药行业的应用范围从发现新的抗体候选药物，到鉴定用于研究的试剂，以及确定用于生物仿制药开发的创新产品的一级结构过程中都是极其重要的。并且，抗体分子本身的一级结构，特别是其CDR区域的氨基酸序列是发挥其生物学功能的核心，对其完整序列准确快速的分析具有十分重要的意义。 在过去，Edman降解以及Edman降解与质谱法的结合已经普遍地用于确定完整的蛋白质序列。如今，有许多算法和软件包可用于在肽水平上基于纯质谱的从头测序，这些算法使用MS/MS碎片数据和每个肽的前体离子质量的组合来预测推定的肽序列。同时，一些软件包通过将从头测序的肽段信息与蛋白质组数据库搜索相结合，能够将已识别的肽段匹配到同源序列上，从而完成蛋白的从头测序的工作。 然而，抗体序列的多样性对上述肽从头测序和数据库匹配策略提出了更高的要求。不同的抗体序列针对特定抗原都会进行微调，来最大限度地提高蛋白质与蛋白质间相互作用。并且，每个免疫反应都会产生独特的序列，而这些序列在蛋白质组数据库中无法得到注释。 今天，小编为大家带来了Symphogen公司首席科学家：Dan Bach Kristensen在抗体从头测序中的实际案例。案例中使用了单克隆抗体从头自动测序的新算法Supernovo™（Protein Metrics Inc.）。该算法中囊括了肽从头测序、蛋白质组数据库搜索、抗体编码外显子的计算机重组以及从已识别肽的最终序列组装的组合，以自下而上的蛋白质组学策略对单克隆抗体进行自动测序。 分享节选 完整视频 已关注 关注 重播 分享 赞 关闭 观看更多 更多 退出全屏 切换到竖屏全屏退出全屏 ProteinMetrics已关注 分享视频 ，时长06:17 0/0 00:00/06:17 切换到横屏模式 继续播放 进度条，百分之0 播放 00:00 / 06:17 06:17 全屏 倍速播放中 0.5倍 0.75倍 1.0倍 1.5倍 2.0倍 超清 流畅 您的浏览器不支持 video 标签 继续观看 单抗药物从头测序的应用案例分享 观看更多 转载 , 单抗药物从头测序的应用案例分享 ProteinMetrics已关注 分享点赞在看 已同步到看一看写下你的评论 视频详情 …
录屏精选 已关注 关注 重播 分享 赞 关闭 观看更多 更多 退出全屏 切换到竖屏全屏退出全屏 ProteinMetrics已关注 分享视频 ，时长01:36 0/0 00:00/01:36 切换到横屏模式 继续播放 进度条，百分之0 播放 00:00 / 01:36 01:36 全屏 倍速播放中 0.5倍 0.75倍 1.0倍 1.5倍 2.0倍 超清 流畅 您的浏览器不支持 video 标签 继续观看 Byos v4.4新功能线上演示会圆满完成 观看更多 转载 , Byos v4.4新功能线上演示会圆满完成 ProteinMetrics已关注 分享点赞在看 已同步到看一看写下你的评论 视频详情 PMI Byos V4.4线上演示会顺利举办！如有老师需要录频资源，请点击文末“阅读原文”，填写信息。 点击这里”阅读原文”,索取完整视频
点击文末“阅读原文”即刻报名 各位尊敬的Protein Metrics用户，Byos已在3月更新至最新版本v4.4，涉及的模块为：Byonic™、Peptide Analysis (Byologic®), Chromatogram Analysis (Byomap™), Intact Analysis (Intact Mass™), Supernovo™, Footprint™, 和Preview™。 鉴于目前全国疫情仍旧严峻，Protein Metrics中国将于4月18日14点举办一场Byos V4.4 更新介绍线上会，期待与您“云”上相约。 课 程 内 容 更新综述如下： Byonic™ 对二级质谱图的自定义阈值设定，可进行数据过滤。 靶向蛋白与相似序列污染物肽段的搜索功能开通。 Peptide Analysis(Byologic®) Processing nodes 窗口命名重命名。 Unify API (by waters) 的DDA数据已可直接导入byos 中的peptide 模块。 Xlinking 信息可直接在peptide模块中查询阅读。 蛋白的分子量、等电点信息已添加如覆盖率阅读窗口。 ChromatogramAnalysis (Byomap™) 样本对比界面增加质谱数据添加参考功能。 增加支持直接导入Peptide模块中的Xlinking 信息功能。 增加二硫键和非二硫键修饰的注释功能。 增加通过自定义保留时间参数确认糖链信息功能。 增加自定义修饰功能。 Intact Analysis(Intact Mass™) 用户界面更新，可提供多个峰的同时分析。 增加了可设定超过理论分子量20%的自动匹配功能。 …
上世纪90年代Genentech的Paul Carter团队发明了Knob-into-Hole结构的双特异性抗体，成为第二代双特异性抗体的典型代表。第二代双特异性抗体有近似天然IgG的结构及稳定性，在表达及下游工艺方面也有了很大提高。Roche/Chugai使用Knob-into-Hole技术的Emicizumab（factor IX and factor X bsAb）于2017年11月获FDA批准成为第二个在美国上市的双特异性抗体。 Knob通过用一个较大的氨基酸取代位于其中一条链与CH3交界处的氨基酸来实现，Hole则用一个含有小侧链的氨基酸来替换另一条HC相对位置的氨基酸来实现，Knob和Hole的存在使同源二聚体间由于存在较大的空间位阻而难以形成，从而促进了HC型异源二聚体的形成。 但是，由于它们的复杂性，这些双特异性抗体可能导致不同降解产物的增强。关于这些分子的稳定性确证仍然很大程度上缺乏。为了解决这一问题，小编为大家带来一篇：应用了一系列应激条件，包括温度升高、pH值、氧化剂和通过葡萄糖培养强制糖基化，以识别和功能评估双特异性抗体的互补决定和保守区域的关键质量属性的报道。 其中：Peptides of interest were identifified by searching manually for their m/z values within the mass spectrum and quantifified with the BYOLOGIC PMI (Protein Metric Inc.) software tool. 原文地址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.1c06305?fig=abs1&ref=pdf 或点击“阅读原文”，查看此文献
BYOSPHERE/自动化分析，你准备好了吗？ BYOSPHERE/自动化分析，你准备好了吗？ 关闭 更多 名称已清空 微信扫一扫赞赏作者 喜欢作者其它金额 赞赏后展示我的头像 文章 暂无文章 喜欢作者 其它金额 ¥ 最低赞赏 ¥0 确定 返回 其它金额 更多 赞赏金额 ¥ 最低赞赏 ¥0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 . , , 2022年3月1日15:13 ,
MS Data Analysis Workshop A half-day workshop focused on the fundamentals of mass spec data of proteins, with an emphasis on biopharma applications. Date： · Date： · Feb 17th，2022 Start time: 9am PST / 12pm EST / 6pm CET Duration:3 to 4 hours. Contents: · Contents： · –Foundations of protein mass spec data. –Introduction to MS Applications with …
开 工 大 吉 新年新气向，再战新征程！ 2022我们开工啦！ 糖肽定量的未来 本文对不同糖肽组学方法进行了优缺点的比较，探讨对临床生物标志物研究和糖蛋白在各种疾病中的病理学和功能研究相关的合适方法。 文章中采用了byos中peptide模块进行糖肽的定性定量分析。 如有任何需求，欢迎随时与我们联系（王蕾 +86 13482181958），点击下方”阅读原文”留下您的信息。 点击“阅读原文”
在蛋白质药物中天冬酰胺脱酰胺是一种常见的翻译后修饰，它通常是药物开发过程中实验考察的重点条件。许多研究人员在早期研究阶段会去比较不同候选分子的脱酰胺比例并进行筛选，在研究后期对不同批次产品的脱酰胺比例进行比较。总之，无论是出于内部研究的需要还是监管机构的要求，研究人员都需要对蛋白质药物中的脱酰胺修饰进行准确定量。本期文章为大家简单介绍如何在Byos软件中对脱酰胺修饰进行定性和定量分析。 如图1所示，天冬酰胺脱酰胺主要有两种方式：第一种方式天冬酰胺通过水解反应变为天冬氨酸，第二种方式天冬酰胺首先脱氨形成琥珀酰亚胺，琥珀酰亚胺进一步形成天冬氨酸或者异天冬氨酸。【1】【2】 图1.天冬酰胺脱酰胺的两种方式 当脱酰胺修饰的肽段与未修饰肽段在色谱上有一定程度的共流出时，由于理论上发生脱酰胺修饰的分子量差异是0.984Da，这种情况下很难对脱酰胺的比例进行准确定量。今天我们介绍下Protein Metrics Byos软件针对脱酰胺修饰的去卷积，定量，及最后的报告展示。 我们以IgG1抗体为例，在pH8.5的条件下分别放置1，3，7天。使用Trypsin进行酶切处理，在LTQ-Orbitrap XL(Thermo Fisher)质谱仪上进行数据采集。使用Byos中的PTM workflow对原始数据中的MS/MS谱图进行鉴定，使用肽段的提取离子流图峰面积进行定量。脱酰胺修饰肽段通常会与未修饰肽段发生部分共流出，在Byos的搜索结果中，我们可以方便地对共流出情况进行观测。 图2.发生脱酰胺修饰的…NGQPENNY肽段在Protein Metrics Byos中去卷积前（左）和去卷积后（右）对比图 在图2中左上的提取离子流图实际上是脱酰胺修饰肽段的单同位素峰和未修饰肽段第一个C13同位素峰提取离子流图的总和，右上是在总和的基础上扣除未修饰肽段的结果。 下面我们以IgG1 Trypsin酶切获得的一条常见肽段GFYPSDIAVEWESN387GQPEN392N393YK为例介绍Protein Metrics如何对脱酰胺进行定性和定量。 N392和N393位点脱酰胺分析 为了确认N392位点是否发生脱酰胺修饰，我们在peptide搜索结果中鼠标点击GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段，如图3所示，Byos会在软件对应窗口提供已注释的脱酰胺修饰肽段和未修饰肽段二级质谱图，我们可以用鼠标对图中任意峰进行放大，观察修饰肽段与未修饰肽段碎片例子差异，进而确认修饰位点，从图3可以看出y4离子在脱酰胺肽段与未修饰肽段上有0.984Da差异，进而证明脱酰胺发生于N392位点。 图3.脱酰胺修饰与未修饰GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段已注释二级质谱图 除了提供已注释二级质谱，Byos可以同时提供修饰和非修饰肽段的提取离子流图，如图4所示。图中代表所选二级谱图的保留时间，代表所选肽段其他二级谱图的保留时间，代表与所选肽段具有相同分子量的其他肽段的保留时间。从图上可以看出，Byos共提取出3个脱酰胺相关峰并判定只有保留时间为92.5min的峰为N392脱酰胺修饰。这也与文献报道一致，根据Robinson【1】的报道只有当天冬酰胺的C端为甘氨酸时，会产生中间体琥珀酰亚胺并进一步生成异天冬氨酸和天冬氨酸，所以N392通过水解反应直接生成天冬氨酸。这篇报道同时指出酪氨酸的疏水性会导致天冬氨酸不易产生脱酰胺修饰，这与本研究相符，在N393上并未发现脱酰胺修饰。 图4.脱酰胺修饰GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段提取离子流图 如图5和表1所示，Byos能够对同一project内不同样品的相同位点的修饰比例进行计算，Byos可以使用XICRadio%进行定量，计算公式如下： N387位点脱酰胺分析 …
