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前言 INTRODUCTION 在生物制药开发过程中，对中国仓鼠卵巢 (CHO) 细胞进行蛋白质组学研究，在药物纯度验证和分析中是至关重要的。全新的多蛋白定量 (MPQ module) 质谱分析工作流程工具将使生物制药研发各个阶段的蛋白质科学家受益。MPQ模块中包含的不同workflow提供了一个全面的框架，可快速鉴定和定量分析复杂CHO混合物中的数千种蛋白质，并采用以蛋白质为中心的高效布局。这个方法简化了从早期细胞系开发到最终分析阶段的流程，最终提高了生物制药开发中蛋白质分析的整体效率和可靠性。 方法 METHODS 本研究使用通用蛋白质组学标准1和2 (UPS1/2) 以及等量的CHO细胞蛋白质组加标物 (spike-in) 对48种蛋白质进行非标记定量分析。样品经过消化，并被处理为单个组分或多个组分。接着，对各种液质联用 (LC-MS) 方法（特别是数据依赖性采集 (DDA)）的横向对比，则是侧重于对诸如速度、鉴定出的蛋白质和肽段数量、缺失值的发生率以及定量水平等指标的比较。关注点包括上述提及的48种UPS蛋白质与CHO蛋白质的理论比值和观测比值。 图1. 包含2种不同条件的所有样本检查视图，使用运行间匹配，对8个样本中不同保留时间的肽段鉴定结果，并使用提取离子流色谱图 (XIC) 进行比对。v5.8 版本新增了“以蛋白质为中心的视图”，使分析人员能够快速筛选和查询特定蛋白质。 检查视图以及自动生成的报告，可通过分析质谱仪的精度、分辨率和酶消化效率，快速评估样品制备质量。 图2. 将通用蛋白质组学标准品1和2中的46种蛋白质（共48种）加入CHO蛋白质组中，测得其相对丰度。 (A) 在等量CHO细胞（包括重复样品）混合的样品中，检测到分子量为6,000至83,000道尔顿的人类蛋白质（每种5 pmol）。相对蛋白质丰度（以百分比表示）反映了CHO蛋白质组实验中，仪器检测和软件识别的差异。 (B) 将48种人类蛋白质的相同复杂混合物制备成浓度动态范围从500 pmol到50 pmol的样品，在与50 pmol CHO蛋白质组（包括重复样品）混合的样品中，也检测到了46种蛋白质，且浓度范围较大。结果表明，仪器检测和软件识别的动态范围符合预期。 图3. 分馏和单次采集条件下蛋白质丰度比较的火山图。 (A) USP1样品的倍数变化范围为2到4，表明从单次采集到分馏数据采集条件，丰度显著增加。 (B) 在USP2样品中，大多数检测到的蛋白质的倍数变化范围为-6到+4，这反映出分馏采集的丰度变化比单次采集的丰度变化更大，这表明由于复杂样品中的离子抑制效应，分馏可以提高检测灵敏度。 结论 CONCLUSION Byosphere中的MPQ module为CHO蛋白质组学研究提供了一种快速、准确且全面的方法。 适用于广泛的生物制药应用，支持更快、更可靠的决策。 持续改进蛋白质组学分析，为工艺开发和法规遵从做出重大贡献。 致谢 感谢强生创新医药和Protein Metrics LLC团队成员的合作与贡献。 作者 Alex Zhai¹², Ilker …

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Protein Metrics – A52展台 01 A52展台 会场首日惊喜 2025年4月17日，第二届未来XDC新药大会在成都医学成——温江皇冠假日酒店盛大举办，本次展会为期两天，汇集了国内外优秀的医药创新企业。 作为全球领先的质谱数据解析软件供应商，Protein Metrics携核心技术亮相A52展台，中国区负责人王蕾及亚太区技术工程师高准也全程出席本场展会，我们诚挚邀请您莅临现场： ✅ 深度体验前沿质谱数据解析解决方案✅ 一对一交流软件应用场景✅ 解锁精准药物研发的高效工具 02 A52展位 现场交流盛况 Protein Metrics中国区负责人王蕾正在热情地向驻足的老师们展示Byos产品手册，介绍Byos软件在ADC领域的应用案例。 高准工程师正在详细地向老师们介绍Byos平台不同模块功能的应用方向。通过模块化架构拆解与跨学科应用案例的穿插演示，向老师们全面展示了Byos平台的功能性。 03 A52展位 更多会议现场 4月17日-4月18日 Protein Metrics在A52展台期待与您相见 让数据分析更智能 让药物研发更精准 关于Protein Metrics  Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾    13482181958 往期推荐 ■  如何在Byos中修改聚糖命名法和添加卡通图 ■  天冬酰胺脱酰胺定量 ■  亲水作用色谱联用质谱 (Byos®) 在腺相关病毒衣壳蛋白表征中的应用 ■  腺相关病毒（AAV）表征：肽图法与完整分子量法的对比

会议预告 2025年4月17-18日，2025未来XDC新药大会将于中国ADC与核药创新的核心区域——成都医学城，盛大拉开帷幕！Protein Metrics作为全球领先的质谱数据解析软件供应商，将携前沿科技和创新解决方案，亮相A52展位，我们诚挚邀请您前来体验，共同探索质谱技术在医药研发中的无限可能。 Byos 蛋白质表征软件 Byos可提供从完整蛋白分子量、还原分子量和ADC药物分子量分析到肽水平分析、色谱分析、从头测序分析、寡核苷酸分析等的工作流程： ■ Intact 去卷积分子量模块 ■ Peptide 肽图分析模块 ■ Chromatogram 色谱分析模块 ■ Byonic 搜库模块 ■ Oligos 寡核苷酸序列分析模块 ■ Digested Oligo 长链核苷酸模块 ■ De Novo 单克隆抗体测序模块 ■ HOS 高级分析模块 参展指南 Protein Metrics 展位 A52 时间：2025年4月17日-18日 地点：成都温江皇冠假日酒店二层 展会亮点 想解锁药物研发的精准分析方案？想对话全球顶尖技术团队？这里就是你的答案！  4月17日，Protein Metrics期待在A52展位与您相见，共同开启医药创新的新篇章！ 关于Protein Metrics  Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾    13482181958

会议预告 Protein Metrics技术支持将携手岛津新加坡团队，共同揭秘LCMS QTOF与Byos如何简化单克隆抗体表征流程，带来高分辨率洞见、自动化工作流程及强化质谱数据分析！ 时间：2025年4月16日 4:00pm-5:00pm 语言：英语 主讲人 会议概要 单克隆抗体表征，精准、高效、稳健缺一不可！本次网络研讨会，我们将深度解析LCMS QTOF系统的技术，如何实现高分辨率、高精度的mAb分析，同时确保稳定性、灵敏度与速度并重。同时探索Byos软件如何凭借数据集中、流程简化及深度查询功能，为工作流程注入新动力。两者携手，打造强大且中立的解决方案，加速生物制品研发、优化质谱流程！ 参加本次会议，您将： 洞悉Shimadzu Q-TOF LCMS-9050在mAb表征中的原理与应用 探索Protein Metrics Byos软件如何简化生物制药分析中的质谱数据处理 深入了解端到端工作流程，从样品制备到色谱柱、消耗品选择，确保各阶段重现性与高质量成果 报名方式 点击文末“阅读原文”或复制以下链接至浏览器打开，进行注册报名： https://www.proteinmetrics.com/events/adv-mab-characterization-shimadzu-pm 关于Protein Metrics  Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾    13482181958

Byos软件内置大量的聚糖信息，如聚糖库，聚糖组成，聚糖名称，聚糖卡通图，聚糖分组等等，允许用户自定义的添加和修改。 修改命名法 Byos软件中默认的聚糖命名法是生物制药命名法，如G1F, G2F等。如果想切换成牛津命名法，如FA2G1, FA2G2等，具体方法如下： 第一步：正常创建项目，选择合适的参数进行设置，点击Create Project，完成数据的分析步骤，得到下图可视化界面及报告界面。 图1 图2 第二步：在图1的分析界面中，首先进行数据筛选，选择需要在报告中展示的信息，例如只关心糖肽，通过下图🔍选项，进行Glycosylation的筛选。 图3 第三步：调取Pre pivot column。 图4 第四步：将调取出的Glycan Short Name的表头columns拖拽至展示columns中。 图5 第五步：报告中自动添加Glycan short name信息。 图6 第六步：修改命名法和添加未收录的糖型。 A：打开Glycan short name脚本，点击✏处 图7 B：将红色方框内生物制药名称替换成牛津名称 图8 C：添加未收录糖 图9 D：更新report，可看到更新后的聚糖名称 图10 创建卡通图 Byos中的聚糖卡通图是按照IUPAC命名法绘制而成，支持自定义添加卡通图。 第一步：查看卡通图。 图11 第二步：如果没有看到卡通图，说明软件没有收录，需要手动添加。 图12 第三步：登陆网站 “Structures” 网址: https://glyconnect.expasy.org/browser/structures 图13 第四步：添加新卡通图。 图14 第五步：IUPAC命名法中含有单糖的连接方式，如上图所示β 4（表示β 1，4糖苷键，1往往会省略），α ? （表示α 1，?糖苷键，?表示未知位点）等。如果不想显示连接信息，可以删除IUPAC名称中括号内的字符。 图15 第六步：选中新添加的糖卡通图，更新report。 …

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天冬酰胺脱酰胺定量 在蛋白质药物中天冬酰胺脱酰胺是一种常见的翻译后修饰，它通常是药物开发过程中强制降解实验考察的重点。许多研究人员在早期研究阶段会去比较不同候选分子的脱酰胺比例并进行筛选，在研究后期对不同批次产品的脱酰胺比例进行比较。总之，无论是出于内部研究的需要还是监管机构的要求，研究人员都需要对蛋白质药物中的脱酰胺进行准确定量。本期文章为大家简单介绍如何在Byos软件中对脱酰胺进行定性和定量分析。 如图1所示，天冬酰胺脱酰胺主要有两种方式：通过水解生成天冬氨酸；首先脱氨形成琥珀酰亚胺，进而开环生成天冬氨酸或者异天冬氨酸。 图1. 天冬酰胺脱酰胺的两种方式 当脱酰胺与未修饰肽段在色谱上有一定程度的共流出时，由于理论上发生脱酰胺的分子量差异是0.984 Da，这种情况下很难对脱酰胺的比例进行准确定量。今天我们介绍下Protein Metrics Byos软件针对脱酰胺的去卷积，定量，报告展示。 我们以IgG1抗体为例，在pH 8.5的条件下分别放置1, 3, 7天。使用Trypsin进行酶切处理，在LTQ-Orbitrap XL(Thermo Fisher)质谱仪上进行数据采集。使用Byos中的PTM workflow对原始数据中的MS/MS谱图进行鉴定，使用肽段的提取离子流图（XIC）峰面积进行定量。脱酰胺与未修饰肽段发生部分共流出，在Byos的搜索结果中，我们可以方便地对共流出情况进行观测。 图2. 发生脱酰胺的…NGQPENNY肽段在Protein Metrics Byos中去卷积前（左）和去卷积后（右）对比图 在图2中左上的XIC图谱实际上是脱酰胺肽段的单同位素峰和未修饰肽段第一个C13同位素峰XIC的总和，右上是在总和的基础上扣除未修饰肽段的结果。 下面我们以IgG1 Trypsin酶切获得的一条常见肽段GFYPSDIAVEWESN387GQPEN392N393YK为例介绍Protein Metrics如何对脱酰胺进行定性和定量。 N392和N393位点脱酰胺分析 为了确认N392位点是否发生脱酰胺，我们在peptide搜索结果中鼠标点击GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段，如图3所示，Byos会在软件对应窗口提供已注释的脱酰胺和未修饰肽段二级质谱图，我们可以用鼠标对图中任意峰进行放大，观察修饰与未修饰肽段碎片例子差异，进而确认修饰位点，从图3可以看出y4离子在脱酰胺肽段与未修饰肽段上有0.984Da差异，进而证明脱酰胺发生于N392位点。 图3. 脱酰胺修饰与未修饰GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段已注释二级质谱图 除了提供已注释二级质谱，Byos可以同时提供修饰和未修饰肽段的XIC 图谱，根据MS2 scan选择合适的积分窗口，如图4所示。图中红色圆点表示当前选择的MS2 scan，粉色圆点表示同一肽段的其他MS2 scan，灰色圆点表示isomer的MS2 scan。 从图上可以看出，保留时间92.5分钟处是N392脱酰胺峰（一个峰）。这与Robinson的报道一致，只有当天冬酰胺的C端为甘氨酸时，会产生琥珀酰亚胺中间体并进一步开环生成异天冬氨酸和天冬氨酸（两个峰），所以N392是通过水解反应直接生成天冬氨酸。当C端为大的疏水性氨基酸如酪氨酸时，一般不易发生脱酰胺修饰，这与本研究相符，在N393上并未发现脱酰胺修饰。 图4. 脱酰胺修饰GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段提取离子流图 如图5和表1所示，Byos可以使用XIC Radio%对多个样本同时进行定量，计算公式如下： 请注意，该公式只考虑单个修饰（比如序列AMNGK发生了氧化和脱酰胺，计算脱酰胺比例时，分母是脱酰胺和未修饰的峰面积；计算氧化比例时，分母是氧化和未修饰的峰面积）。如果肽段含有多个电荷态，该公式会对每个电荷态的XIC Ratio%进行加和或者平均而不是将每个电荷态的峰面积先进行加和或者平均再计算XIC Ratio%。对于脱酰胺，修饰和未修饰肽段均使用单同位素峰定量；对于其他修饰，修饰和未修饰肽段使用相同的同位素峰定量，这个同位素峰取决于未修饰肽段的分子量（Byos默认选择同位素峰簇里响应最高的峰）。 N387位点脱酰胺分析 我们可以用与N392同样的方式对N387位点是否发生脱酰胺修饰进行分析，如图6所示，在y9离子上观察到了0.984Da的差异，证明N387位点发生了脱酰胺修饰。 图6. 脱酰胺修饰和未修饰GFYPSDIAVEWESnGQPENNYK肽段已注释二级质谱对比图 图7. 脱酰胺修饰GFYPSDIAVEWESnGQPENNYK肽段提取离子流图 Byos提取的XIC图谱如图7所示，从图上我们可以看出共有两簇粉色点对应两个峰（91.1分钟和93.25分钟），这说明N387发生脱酰胺后生成了D和isoD，Byos能够对两种形式进行区分和定量，具体操作如图8所示：鼠标右键选择需要进行区分的肽段选择Create new peptide from current…，新建的肽段可以标记为D或者isoD并用于定量，结果见表2。 图8. 从已有肽段创建创建新的肽段示意图 …

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腺相关病毒（AAV）表征： 肽图法与完整分子量法的对比 Application Note 在本应用简报中，我们分别介绍了如何在完整分子量和肽图水平上对AAV进行表征，并快速找到AAV衣壳蛋白的在两种正交实验中差异。 BYOS® 软件内置的重建工具可直接比较肽图法与完整分子量法的结果。 01 前言 腺相关病毒衣壳 (AAVs) 是一种重要的蛋白质工具，可用于尖端基因疗法的研发，进而治疗遗传性视网膜病变和脊肌萎缩等疾病。AAV由一个二十面体蛋白外壳和一个大约4.7千碱基(kb)的单链基因组构成。衣壳由三种病毒蛋白(VPs)构成：VP1、VP2和VP3。完整AAV作为保护和递送寡核苷酸治疗剂的载体。 所有的大分子生物药（包括AAV）都需要监测关键质量属性(CQA)。质谱法可以对翻译后修饰和断裂等CQA进行常规监测。 对于其他CQA（如宿主细胞蛋白残留和氨基酸序列突变），目前主要使用 ELISA 和下一代测序工具等技术进行监测。然而对于此类CQA的定性和定量，正在转由质谱法进行监测，以提供更加深入、快速的信息，帮助工艺研发部门提高产品质量。这一类分析可基于完整蛋白质或肽水平进行。 使用传统的数据分析工具难以直接比较病毒蛋白的在肽图水平和完整蛋白质水平的结果。在本应用简报中，我们展示了Byos中如何直接比较分子量和肽图的实验结果，互相印证，以快速找到样品间差异。 02 材料 AAV8 由Lake Pharma (马萨诸塞州伍斯特）生产。超滤膜和(三(2-羧乙基)膦) (TCEP) 购自Millipore Sigma。胰蛋白酶和rAsp-N均购自Promega。 样品制备 在完整分析时，使用10kDa分子量过滤器对AAV进行了三次缓冲液交换。缓冲液中含有5 mM TCEP、80%水、20%乙腈及0.1%甲酸(v/v)。在收集样本之后、上样之前，将样本在室温下保存。对于肽分析，AAV经历了变性、还原、烷基化和消化。本实验使用的酶为胰蛋白酶和rAsp-N。 03 实验细节 LC/MS分析：LC/MS分析在1290 Infinity II LC上进行，LC与6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF系统相连，LC/Q-TOF系统配有双安捷伦喷射流离子源。Agilent MassHunter Acquisition(B.09.00) 工作站软件进行完整分析。进行了进一步的校准，并在标准质量模式下运行。在肽图分析工作流程中，使用了MS/MS功能。所有质谱数据均采用蛋白质组学ByosTM软件进行处理。 04 讨论与分析 对于完整蛋白和肽肽图这两种正交方法，在样品前处理，色谱参数，质谱采集参数上存在巨大差异，这使得对两种实验的结果进行比较十分困难。ByosTM目前能够深入分析肽图数据，并将其重建为完整分子量去卷积谱图。在分子量实验中，将重建的去卷积谱图与实验获得的去卷积谱图叠加，直接比较完整蛋白和肽肽图这两种正交方法，互相印证数据。 Byos重建功能采用的机制可详见[参考文献1]，其工作原理是将肽图实验获得的翻译后修饰结果进行累加，并覆盖在完整分子量去卷积谱图上(图1)。 图1：VP1数据重建，红线代表特定氨基酸的相对修饰数量并用于绘制理论上蓝色分子量去卷积谱图。重建数据显示，实验获得的去卷积谱图（黑色轮廓）存在肩峰，这是肽图实验中多种低丰度和低质量PTM导致。 尽管肽图重建的去卷积谱图（蓝色轮廓）与完整分子量实验获得的去卷积谱图（黑色轮廓）具有可比性，但很显然的是，在完整分子量水平明显显示的某些组分，在肽图中却缺失了，这代表了翻译后修饰数据中低质量翻译后修饰的结果偏低。 图2：重建表（可由分析人员进行编辑），可用于查看并调整肽图翻译后修饰数据。 若有需要，分析人员还可以查看重建源数据。在这里，用户可以调整条目以查找差异原因，或者在肽水平上发现可能被忽视的翻译后修饰。 能够快速找出同一样本正交实验的差异，有助于提供更准确的结果。在生物药研发过程中，这一点非常重要，在研发过程中尽早找到难点以及不符合期望值所在，从而优化研发周期，节约时间和成本。 图3：VP2数据重建，从重建数据中可以看出在肽图结果中低估了VP1(图2)和VP2中的二磷酸化和三磷酸化的比例。 图4：VP3数据重建，肽图谱数据中的非乙酰化数据被夸大了。这可能是由于断裂导致。 05 结论 BYOS® 软件的重建工具能够快速、简单、直接地比较正交法结果。生成的信息可以迅速为研发人员提供参考，并有助于调查不同分析中出现的差异。能够快速洞察并立即将差异映射到CQA，这一机制有助于公司在工艺研发期间节约大量时间和成本。 …

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CHINA USER GROUP MEETING 中国用户会 圆满落幕 圆满落幕 Protein Metrics 2024年中国用户会已于11月6日在上海圆满落幕。 本次会议汇集了来自Protein Metrics的国内外顶尖技术专家与用户伙伴，聚焦行业前沿发展、软件操作技巧以及系统升级策略，为现场用户打造了一个互动交流和知识分享的平台。 让我们一起回顾用户会的精彩瞬间！ 上午时段 主题报告 开场致辞 来自Protein Metrics全球总部的VP Sales and Services, Steve Cypes 与拜诺维讯信息科技（上海）有限公司的总经理Tom Blackadar 为本次用户会做开场致辞。 随后，Steve 通过远程连线的方式，开启用户会的第一项议程”Data-Driven Knowledge: Shaping the Future of Biologics Characterization”，紧密结合行业发展，详细介绍了Byos软件的最新升级成果及其在未来发展的广阔空间。 来自Protein Metrics 全球总部的Mgr. of CS, Mgr. of Global Vendor Partnerships, Lawrie Veale就ADC药物展开深入的分享与讲解。 茶歇时刻 用户会的茶歇时刻，与会用户围绕会议议题以及行业内最新动态展开热切讨论，分享其见解和心得。Protein Metrics 的技术工程师高准与用户进行了深入的面对面交流，现场学术氛围浓厚。 赛默飞 知识分享 作为本场用户会的重要嘉宾，来自赛默飞的张邵阳老师结合软件，凭借其深厚的行业背景和专业知识，为大家带来了非常宝贵的行业发展和知识经验分享。用户们在聆听之余，积极参与答疑环节，与嘉宾展开热切讨论。 Protein …

Protein Metrics 2024年中国用户会圆满落幕！ Read More »

Protein Metrics 中国用户会 【精彩即将开启】 时间：2024年11月6日 09:15 – 16:15 地点：上海市浦东新区盛荣路88号 盛大天地源创谷会议中心-恒星厅 诚邀您的莅临 尊敬的用户及各位老师： 经过精心筹备，我们非常荣幸地向您公布2024年Protein Metrics中国用户会的最终会议议程和详尽的参会指南。我们衷心希望这场会议不仅是一场思想上的碰撞，更是各位用户交流分享的绝佳平台。 请仔细阅读以下信息，确保您顺利参会！ 会议日程安排 前沿分享 上午时段，我们将呈现一系列精心策划的主题报告，涵盖抗体偶联药物、寡核苷酸、糖组学等当前科研与产业的热门领域，与您一同探讨前沿的科研成果与行业洞察。 实操盛宴 下午时段，Protein Metrics国内外的资深技术专家将通过理论讲解与实操演练相结合的模式，让您亲身体验质谱分析软件的魅力。实操培训亮点包括： ADC药物重建 掌握抗体偶联药物（ADC）的高效分析与重建技巧。 Digested Oligo Bottom-Up 分析 如何将复杂核酸样本分解为小核苷酸片段，进行精准bottom-up分析。 特别提示： 参加实操培训的老师们，请自备电脑，Protein Metrics将为您现场安装并激活软件。实操涵盖“肽图分析(Peptide)”、“分子量分析(Intact)”及“长链核苷酸模块(Digested Oligos)”三大核心模块。为确保效果，建议使用i7及以上CPU的电脑，具体电脑配置见下图。 详细议程 主题报告 09:15AM Registration 09:35AM Welcome and Introduction Thomas Blackadar, 拜诺维讯信息科技（上海）有限公司 Steve Cypes, Protein Metrics, LLC 09:45AM Roadmap & What’s New Steve Cypes, Protein Metrics, …

用户会倒计时！本周三会议盛宴，我们与您不见不散！ Read More »