Uncategorized

Webinar: Byos功能升级 随着Byos v5.9新版本带来多项功能升级，Protein Metrics中国团队已于上周五顺利举办了Byos功能升级专题Webinar，精彩回放现已整理就绪。 Byos v5.9 核心功能深度解析 Byos v5.7-v5.9重大更新全回顾 若您错过了直播，或是希望重温会议亮点，均可观看完整版回放视频！ 获取方式 点击链接 http://proteinmetrics.mikecrm.com/YI2lghn 或扫描下方二维码进行报名，即可获取完整版会议视频。 扫码填写表单，即可获取视频！ 关于Protein Metrics Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示 王蕾   13482181958

QbD2025第六届生物药质量科学大会，将于7月11-12日在北京朝阳万达文华酒店召开！ 大会首次以“质取工艺、设计未来”为主题，涵盖重组蛋白、ADC、抗体药、细胞与基因、多肽、核酸、疫苗前沿领域，聚焦工艺优化、质量研究、政策法规与创新药出海等内容。各位专家、行业同仁共聚现场，共同踏上生物药质量控制与管理的新征程！ Protein Metrics致力于提速生物制药质量表征分析的进展，将在A54展台与大家见面，共话生物药质量发展的前沿趋势与挑战！ 【会议时间】2025年7月11日-12日 【会议地点】北京朝阳万达文华酒店 展位号 A54 1 了解如何通过先进的蛋白质与多肽表征解决方案，加速您的生物药研发进程。 2 探索Byos软件平台如何为实现数据驱动的决策提供强大支持。 3 与技术专家面对面交流，探索项目中遇到的复杂表征挑战，获取定制化建议。 实践指南 最新产品手册 & 深度模块介绍 助您直观感受解决方案的强大功能和易用性 干货满满之外，Protein Metrics诚意好礼也已就位！亲临A54展位，参与互动交流，即有机会获取精美实用礼品！ 会议概况 大会框架 日程安排 （左右滑动查看各分论坛日程） （左右滑动查看各分论坛日程） 扫描二维码，报名参会！ 关于Protein Metrics Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示 王蕾   13482181958

引言 ✦ 在此，我们推出全新的多蛋白定量(MPQ)软件工作流程。该Workflow可处理GB级大规模输入数据，并基于样本重复实验生成自动化分析结果，实现对数千种蛋白质的精准定量测量。MPQ模块既可以部署于Protein Metrics公司的Byos桌面软件平台，也可以在Byosphere®云端平台上运行。 本研究中，我们开展了两项基于NIST样本的MAM对比研究。利用MPQ工作流程，我们分析了来自不同实验室及不同样本条件下的样本，并在全蛋白质组维度上对宿主细胞蛋白(HCP)进行了全面鉴定、定量及报告。 供应商中立的定制化工作流程，助力数千种蛋白质的精准鉴定与定量分析： 多蛋白定量(MPQ) 快速分析，即时显示复杂蛋白质混合物的相对丰度 一次性对数千种蛋白质进行无标记定量分析 以蛋白质为中心的分析 动态过滤功能使分析人员能够在项目创建期间和之后控制肽段定量 多蛋白预览以自动评估样本状态 质谱校准/性能 酶切特异性 烷基化效率 样本质量/意外杂质 多蛋白鉴定以搜索和鉴定数千种蛋白质 以蛋白质为中心的布局 重点审查 更快速的结果验证 由创建突破性Byonic算法的同一团队开发 动态筛选功能与蛋白质导向可视化界面： 筛选功能使分析人员能够在项目创建期间(Figure 1a)和之后 (Figure 1b) 控制肽段定量。 版本5.8中的新功能-protein centric view，可在检查视图的左下角查看。 鉴定与定量动态检查 ✦ 两个案例研究：NIST MAM对比研究 Figure 2a：来自四个不同实验室的四台不同仪器在四种不同条件下（[(1) 参考条件，(2) pH条件，(3) 加标条件，(4) 未知条件]）检测的样本中，所有已鉴定蛋白质的归一化XIC面积总和。数据显示，各台仪器检测到的NIST mAb重链（绿色）和轻链（蓝色）的相对含量较为相似。值得注意的是，在实验室A-2的pH条件样本和实验室B-1至B-4的样本中，均检测到肉眼可见量的HCPs。 Figure 2b：样本中已鉴定的低丰度HCPs的归一化XIC面积总和的放大堆叠柱状图。自动生成的报告支持全蛋白质组的蛋白质鉴定，并提供简洁的、以蛋白质为中心的审查功能。 Figure 3：来自5个实验室的数据集（包含4种不同条件）的检查视图，展示了使用“Match Between Runs”功能整合的XIC，以对齐20个数据集中的肽段鉴定结果并校正不同的保留时间。版本5.8中的新功能“protein centric view”，允许分析人员快速筛选和查询特定蛋白质。 检查视图与自动生成的报告相结合，通过分析质谱仪的精度和分辨率以及酶切效率，可快速评估样本制备质量。 Dashboards界面支持对 HCPs的深度查询监控 ✦ Dashboards对生物制药研发全流程中的HCPs水平进行动态监控，涵盖从早期细胞系开发到生物工艺优化、抗体纯化，直至向FDA提交新药申请，以及最终的药物纯度验证和细胞治疗样本特征分析的各个阶段。 Figure …

MPQ模块在宿主细胞蛋白（HCP）表征中的进展 Read More »

网络研讨会 ✦ Protein Metrics现已正式发布Byos v5.9版本，新版本带来了多项革命性功能升级！为帮助大家深入了解Byos v5.7至v5.9的核心更新内容，我们诚邀您参加Byos版本更新的网络研讨会。本次会议不仅系统解读新功能，更有实时Q&A环节，解答您在使用中的所有疑问。 01 核心议程 01  Byos v5.9核心功能深度解析 02 Byos v5.7-v5.9重大更新回顾 03 互动答疑：您的问题，我们现场解答！    版本更新亮点    🔹 智能XIC比对与定量升级 🔹 糖组学与交联分析扩展 🔹 工作流与兼容性优化 ……. Byos v5.9更新内容及注意事项 （点击此处了解详情） 02 会议安排 会议时间 2025年7月4日，14:00-14:30 会议地点 腾讯会议  #136-848-039 主讲人 高准, Protein Metrics客户成功科学家 03 注册报名 点击链接 https://meeting.tencent.com/dm/oCzXjfyudfXb 或扫描下方二维码注册报名。 即刻扫码，预定您的席位！ ✅抢先掌握Byos最新功能应用技巧 ✅与技术专家互动交流，解决实际分析难题 ✅下周五14:00，不见不散~ 关于 Protein Metrics Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示 …

【会议预告】Byos v5.9功能升级，即刻报名锁定席位！ Read More »

MAM是一种基于LC-MS的肽图分析方法，近年来在蛋白质治疗药物行业得到了广泛应用。由于MAM能够识别并靶向定量多个关键质量属性(CQAs)，此次参与MAM循环比对的研究人员，购买了未消化的市售NIST mAb及获得了胰蛋白酶消化的市售NIST mAb。 对获取的数据进行收集和分析，旨在评估不同实验室间测量方法和样品制备方法的可重复性。本次实验室间MAM研究的目的是确认并改进各实验室用于抗体治疗药物MAM分析的基本技术。 方法 Sample ①NIST mAb (NIST, RM 8671)； 各实验室进行胰蛋白酶消化 Sample ② NIST mAb胰蛋白酶消化标准肽段； (Waters 186009126) 浓度为 0.2mg/mL 各实验室使用相同的色谱及质谱，并且液相和质谱的方法也保持一致。1 1. Nat Protoc. 2023 Apr;18(4):1056-1089 结果 参考肽段的相对峰面积、质量准确度和保留时间的比较 图1. 参考肽段的相对峰面积（仅MS1数据） 图2. 修饰比例 (%) (仅MS1数据) 图3. 各参考肽段的平均质量准确度（单位: ppm） 图4. 各参考肽段的保留时间变化 肽段DTLMISR氧化修饰的百分比总和在两个实验室的数据中存在一些异常值。而对于脱酰胺化的‘PENNY’肽段，其修饰百分比总和并未显示出任何异常值。 有一个实验室针对所购已消化样品的数据出现了异常值，然而，其他参与者的数据中保留时间的重现性相似。这表明本研究中的数据足以用于比较。 结论 对于在日本开展的MAM循环研究，使用独立液相色谱和质谱系统对购买的和内部消化的NIST mAb进行了分析，这些系统仅在MS1模式以及MS/MS模式下获取数据。我们使用Byosphere比较了几种预定义的参考NIST mAb关键质量属性(CQAs) (脱酰胺、氧化、末端赖氨酸丢失和焦谷氨酸化) 的相对丰度。鸟瞰图使研究人员能够快速发现异常值，并改进样品制备、质谱参数和分离条件。 Byosphere的Dashboard功能使用户能够查看不同样本和实验室中的肽修饰率及系统适用性，并能够从大量数据中获得洞察。 作者 Ayako Kurimoto, K. Ilker Sen Protein …

利用NIST单克隆抗体 (mAb) 开展的日本实验室间MAM数据比对案例研究 Read More »

01 引言 在过去的几年中，数据非依赖采集 (DIA) 方法在蛋白质组鉴定与定量分析流程中日益成为标准。随着DIA技术的广泛应用，各种数据处理工具应运而生，其性能和灵敏度均稳步提升。然而，挑战依然存在——例如，如何处理共洗脱的碎片离子、应对海量数据，以及解决因DIA数据的组合特性而导致的计算复杂性。 Protein Metrics, LLC的MS/MS搜索引擎在数据依赖采集 (DDA) 应用于翻译后修饰 (PTM) 工作流程中享有盛誉，已被研究人员和制药公司广泛采用。基于这一基础，Protein Metrics最近推出了一款专为支持DIA数据而设计的新工作流程。本文介绍了为DIA分析量身定制的高性能、可扩展算法原型的开发，这标志着我们在处理复杂蛋白质组数据集方面的能力取得了重大进展。 02 方法 这款新型搜索引擎的原型在现有的Byos®宿主细胞蛋白workflow (HCP)和多蛋白定量(MPQ) module流程框架内进行了评估。在这些测试中，新型引擎被用于替代Protein Metrics传统的Byonic™搜索引擎。 03 结果 比较肽段和蛋白质异构体的检测/定量能力 在本研究中，我们通过引入一款专为适配DIA数据特性而设计的新型搜索引擎，探索了扩展Byos®平台DIA分析能力的新方法。我们的工作聚焦于提升以下三个关键方面： 1、通过利用多同位素信息，增强对离子信号的灵敏度，同时保持对可能影响单个同位素的潜在干扰的稳定性。 2、优化打分系统，以便更好地区分真实匹配和干扰信号。 3、更精准地检测前体和碎片离子信号的共洗脱。 我们的方法围绕在整个分析流程中保持灵活性展开： 在最终评分阶段之前，我们会保留所有在多种电荷态和不同假设条件下匹配到的碎片信号。这确保了任何可能具有价值的匹配都不会被过早舍弃。 新的搜索引擎支持将所有相关的同位素峰（无论是来自棒状还是轮廓模式数据）与观测到的信号进行匹配。 通过纳入轮廓数据，我们提高了对真实信号的辨别能力，即使在存在复杂同位素干扰的情况下，也能实现匹配。尤为独特的是，这种方法允许对原始轮廓数据点进行直接匹配。我们利用多个同位素观测结果来优化前体离子和碎片离子的共洗脱。 最后，我们汇总前体离子峰顶附近多个相邻MS2扫描的信号，以进一步提高匹配的辨别能力和边界精度。 图1. 现有的采用Byonic™的Byos®MPQ工作流程(a) 和配备原型搜索引擎的新型Byos® MPQ DIA工作流程 (b) 均成功量化了所有九种添加的蛋白质。然而，这两种方法在重复运行中表现出的量化变异性水平不同。 图2. 两款引擎间独特序列鉴定结果的比较。这些图以10%的FDR阈值为限制条件，而韦恩图中的数字是基于1%的FDR计算得出的。 图3. 通过反向数据库搜索分析展示出了更高的鉴定率 图4. (a) 由于在远离洗脱峰顶处采集的MS2谱图中噪声增加，Byonic™可能会产生额外的、有时相互矛盾的修饰位点定位结果。(b) 新型搜索引擎整合了洗脱峰顶周围多个扫描的MS2数据，从而提高了修饰位点定位的准确性。 图5. 复杂同位素混合物中鉴定结果的示例 04 结论 与Byonic™相比，这款新型搜索引擎展现出了对真正阳性匹配结果更强的辨别能力。在涉及复杂同位素干扰的具有挑战性的情况下，它能成功恢复额外的鉴定结果。此外，我们还观察到在DIA数据分析中，其量化精度有所提高，这体现在变异系数 (CV) 值降低上。而且，新方法显示出偶发性异构体报告频率的降低，这表明鉴定结果具有更高的一致性和可靠性。 作者 Ignat Shilov, Christian Heckendorf, Abhishek Roushan, Gary Wilson, Claire Bramwell …

DIA中全面的异构体注释与定量分析 Read More »