本文作者：ProteinMetrics
Byos™二硫键 (S-S) 工作流程为二硫键、三硫键和Xlink的鉴定与定量提供了稳健平台。该工作流程旨在减少人工操作并提高结果可信度，整合了自动验证、简化数据审查和可定制报告功能。
核心功能包括：
-
支持二硫键和crosslink的全面工作流程配置
-
自动二硫键筛选确保准确分配，减少假阳性结果
-
具备Xlink label的高级数据可视化功能，便于高效检视复杂结果
-
可定制报告，实现研究发现的一致性、可重复性文档记录
工作流程设置
Byos软件独立于仪器供应商，支持所有原始文件格式，可直接加载至“Samples”标签页。
蛋白质序列或链可直接加载至“Sequences”标签页。
定义理论二硫键连接：
-
默认情况下，二硫键工作流程配置为免疫球蛋白(IgG) 分子分析。若分析非免疫球蛋白蛋白，取消勾选“IgG”选项即可。
-
分析免疫球蛋白 (IgG) 分子时，通过下拉菜单指定Heavy Chains (重链) 和Light Chains (轻链)。
-
软件会自动在“Disulfide links (expected)”表格中填充相应的二硫键组合。该表格可编辑，以输入用户自定义的理论二硫键连接。
注：软件会自动搜索所有可能的二硫键连接组合。与列出的二硫键模式匹配的肽段归类为“Expected (理论)”，其他组合则归类为“Shuffled (错配)”。
定义交联搜索类型：
二硫键和Crosslink设置位于“Processing nodes”标签页中，属于Byonic (MS2) 搜索参数的一部分。
配置步骤如下：
1、选择Disulfide (二硫键) 、Trisulfide (三硫键) 或Crosslink (交联) 选项。
2、默认情况下，工作流程设置为使用DSS搜索交联键。若使用其他化学交联剂 (如DSSO、DSBU)，需在“Enable Crosslink Custom”下进行配置。有关Crosslink参数设置的说明 (包括支持多个氨基酸残基间的交联)，请参阅“Byonic中的交联搜索”mp.weixin.qq.com/s/dcpo-5MwvKFNwn0BAdJE3Q（可复制至浏览器打开）
3、“FASTA Proteins”选项中的数值表示FASTA文件中蛋白质或链的位置编号。例如：
-
“1,2”表示搜索蛋白质1和2之间的链间和链内二硫键。
-
“1,2;3”表示搜索蛋白质1和2之间的二硫键；对于蛋白质3，仅搜索其链内和肽段内二硫键，不搜索蛋白质1、2与3之间的二硫键。
项目审查与验证支持
项目创建后，用户可访问检视视图和报告。检视视图用于在二硫键和Xlink纳入报告前进行验证。
肽段表格提供多种筛选选项，助力简化数据审查与验证流程。
结合使用“Search filter”和“Column filters”可缩小待审查肽段范围：
-
搜索Search filter选择二硫键和交联肽对。
-
通过“Xlink Class”筛选，可排除Expected二硫键，将审查重点放在Shuffled二硫键上。
-
除手动验证外，Byos还配备自动肽段验证工具——Disulfide Validator。符合预设标准的肽段在注释列标记为“clear/no flags”，不符合标准的肽段则标记为“critical”或“warning”，便于优先审查并确保数据质量。
注：二硫键验证工具需在项目创建阶段向工作流程中输入高级命令。该高级命令可从下方复制，粘贴至工作流程中Byologic节点下的“Advanced Configuration”部分。详细说明见《Peptide Analysis Manual》(位于用户指南中)：
[Byologic]
DisulfideValEnabled=true;
快捷键可快速将肽段标记为真实 (t)、假阳性 (f) 或其他类别。验证完成后，可通过搜索筛选器轻松移除假阳性结果。
二硫键自动报告
验证完成后，结果可在Byos二硫键报告中查看，报告包含一系列表格和图表。二硫键报告模板可定制，包含以下内容：
支持按“Xlink-type”进行筛选，可分组显示二硫键、三硫键和游离巯基。
-
柱状图：对比预期型与随机型二硫键的提取离子色谱(XIC) 面积 (a)；对比二硫键与三硫键总数 (b)。
-
表格：按半胱氨酸残基分组展示肽段、二硫键、三硫键及其他相关信息。
-
表格：显示所有二硫键结合肽的相对丰度。
Byos提供二硫键和交联分析的端到端工作流程，助力科研人员加速分析进程，同时自信地做出决策。