Byos中的糖肽搜库策略

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到目前位置，数据库搜索仍然是糖肽分析最有效手段。选择合适的糖库是糖肽研究成功的第一步。Byos提供3种不同的糖输入方式：数据库，糖组成以及自定义编辑，如下所示：

Byos内置大量N/O糖库，易于编辑和拓展。默认使用糖库，如果糖库不足，可按照上述方法B/C自定义添加聚糖。

Byonic 支持大量关键字，包括 HexNAc、Hex、Fuc、dHex、NeuAc、NeuGc、Pent、GlcA、IdoA、DiNAcBac、Acetyl、Sulfo、Phospho、Na 和 Sodium。如方法B表示硫酸化N糖。

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• 搜索任意N糖

Byos中N糖输入方式是HexNAc(2)Hex(2)Fuc(1) @ NGlycan | common1，其中NGlycan表示NXS/T 基序。如果用户想搜索任意天冬酰胺上的 N-糖，以发现 NXC 或反向基序上的 N 糖，可用N替换NGlycan，如HexNAc(2)Hex(2)Fuc(1) @ N | common1。

• ¹⁸O水中脱糖

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Byos中O糖输入方式是HexNAc(1) @ OGlycan | common1，其中OGlycan表示S/T。

O糖相比于N糖会带来另外一个难题combinatorial explosion，粘蛋白型结构域可能有 10 个或更多个紧密排列的修饰位点（S和T），这些位点上有大量 O糖。例如，在 10 个潜在位点上搜索 8 种不同的 O糖组成，就有 9¹⁰ ≈ 35 亿种组合，这对软件的搜库能力提出巨大挑战。

为了应对combinatorial explosion，分析家应该使用尽可能小的数据库，只搜索相关糖肽：

• 最好使用focused database。

• 关注最有可能的肽段，使用fully specific和0 missing cleavage。

• 如果搜库空间仍然很大，可用聚糖分子量替代聚糖组成。例如，肽 FGVSSSSSGPSQTLTSTGNFK 可以使用修饰规则 HexNAc /203.079373 @ S,T | common10 和 Total common max 设置为 10 来搜索所有 O-GlcNAc 肽异质体，得到 2¹⁰ ≈ 1024 个肽，或者可以使用十条修饰规则进行不太精确的搜索：HexNAc / 203.079373 @ S,T | rare1，2HexNAcs / 406.158745 @ S,T | rare1，……等等。在 Total rare max 设置为 1 的情况下，后一种方法仅产生 101 个肽，速度提高了10倍。注意：后一种方法关注的是完整分子量，放弃了位点。

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• MS/MS Filtering

典型的糖肽HCD二级谱含有B/Y以及b/y离子，可通过B离子筛选出糖肽二级谱，如下图所示：

上述截图表示，二级谱至少含有204或者366中一个，否则数据就会被Byonic过滤掉。

• Advanced command

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