本文作者：ProteinMetrics
摘要
本文针对交联肽段匹配鉴定结果进行说明：
Byos如何为每个交联肽段分配“Sequence”与“Xlink Partner Peptide Sequence”的标注。
以及“Score”与“Xlink Score”分别如何对应。
引言
Byos支持交联肽段匹配分析的检测与鉴定，可以同时对两个交联肽段进行MS/MS分析。Byos通过“Sequence”、“Xlink Partner Peptide Sequence”、“Score”和“Xlink Score”字段报告肽段序列及其MS/MS Byonic评分。Byos需确定交联肽段匹配分析中的每个肽段应分配给哪个字段，其分配逻辑旨在简化结果评估与报告流程。
注意：
Byos可检测超过两个交联肽段，但仅对其中两个肽段序列进行MS/MS分析。其余额外交联肽段仅作为MS1母离子质量位移被检测，不进行MS/MS解析。
Sequence与Partner Peptide Sequence
分配逻辑
当鉴定出交联肽段配对时，一个肽段序列被标注为“Sequence”，另一个则标注“Xlink Partner Peptide Sequence”。分配规则是：在工作流程蛋白序列列表中位置最靠前的肽段将被指定为“Sequence”。图1所示的二硫键连接配对示例说明了该分配逻辑的实际应用。
图1. 在Byos中鉴定出的S-S肽段配对分析示例
如果图1中的配对代表链内二硫键，则肽段序列VYACEVTHQGLSSPVTK应比肽段序列LSCVASGFIFSNHWMNWVR更靠近N末端，如图2示例蛋白序列所示。
图2. 用于解释Byos对链内二硫键交联分配逻辑的示例蛋白序列。最靠近N末端的肽段序列显示为“Sequence”，而最靠近C末端的肽段序列则显示为“Xlink Partner Peptide Sequence”。
如果图1中的配对代表链间二硫键，则肽段序列VYACEVTHQGLSSPVTK应被分配给出现在Byos工作流程蛋白质表中出现更早的蛋白序列，如图3所示。
图3：用于解释Byos对链间二硫键交联分配逻辑的示例工作流程。分配给在工作流程蛋白质表中最先出现的蛋白质的肽段序列显示为“Sequence”，而分配给在工作流程蛋白质表中较晚出现的蛋白质的肽段序列则显示为“Xlink Partner Peptide Sequence”。
当检测到肽段序列上存在可变修饰，并且该肽段通常会被指定为Xlink Partner Peptide Sequence时，会出现该规则的例外情况。这是因为Byos不允许”Xlink Partner Peptide Sequence”带有可变修饰。例如，如果Byos检测到VYACEVTHQGLSSPVTK与LSCVASGFIFSNHWmNWVR形成二硫键，并且在甲硫氨酸上鉴定到氧化作为可变修饰，那么无论LSCVASGFIFSNHWMNWVR在工作流程蛋白序列列表中相对于VYACEVTHQGLSSPVTK的位置如何，它都会被指定为”Sequence”。
Score与Xlink Score
分配逻辑
当鉴定出交联配对时，一个肽段的MS/MS Byonic评分被报告为”Score”，另一个肽段的MS/MS Byonic评分则被报告为”Xlink Socre”。MS/MS Byonic评分较高的那个肽段评分总是被报告为”Score”，而MS/MS Byonic评分较低的那个肽段评分总是被报告为”Xlink Score”。
END