Byonic简介

Byonic是一个搜索引擎，支持DDA和DIA数据采集模式，可实现对环肽，线性肽，mRNA和蛋白质组的定性分析。自动读取质谱或者光谱原始数据，不需要格式转化，保证数据完整性；在搜库过程中，可以将质谱数据转换成mzid和mgf格式，允许进入其他第三方软件分析。Byonic支持市面上所有的离子碎裂模式，不论是基于惰性气体，还是电子或者光子，都可以生成对应的理论MS2光谱，执行图谱匹配；可添加诱饵蛋白，识别假阳性光谱，设置FDR卡值进行数据过滤；支持肽段和蛋白水平上双重卡值，提高数据可信度，Byonic是目前准确度最高的搜索引擎。

Byonic提供三种酶切设置，完全特异性，半特异性和非特异性，无酶使用限制；支持多酶组合酶切，可以在一个workflow中完成多个不同酶切样本的数据搜索。可分析Top-down，Middle-down和bottom-up数据，自动标识骨架离子和内部碎片，最大化序列覆盖率。

Byonic支持同时搜索已知和未知修饰，多途径提高搜库效率。将多数修饰设为rare，可一次搜索200+个修饰，满足序列变异体和Oxidative footprinting的要求；设置保留时间区间，MS1质荷比范围和特征诊断离子，执行选择性搜库；指定未知修饰位点，加速开放性搜库。

除此以外，Byonic收录大量N/O糖库，支持自定义编辑，轻松实现糖库拓展。为了提高糖肽组搜库效率，用户可以将漏切位点设为0，使用focused database；Protein Metrics还开发了大量高级功能，解决O糖搜库的combinatorial explosion问题，搜库效率至少提高7倍，即以前花费一周时间搜库，现在仅需一天。