Byonic中的交联搜索 – Binocular Vision

Byonic中的交联搜索

Protein Metrics

案例

寻找赖氨酸和天冬酰胺之间的交联；交联的产生会减去NH3（17Da）

Option 1

此方法适用于纯蛋白样本:

参数设置：CustLink / -17.xxx @ K,N | xlink

Option 2

1) 在fasta文件中, 用NJ替代每一个K. 保留N.

2) 使用下面展示的modification 规则:

KN-link / -17.xxx @ N | xlink

% J 的分子量别定义为100.000Da , and K->N is -14 Da, so 我们同时需要: Fix-K-Remove-J / -100.00+14.05203 @ J | fixed

Option 3

1) 用KJ替代每一个K，同时用NJ替代每一个N。

2) J 的分子量别定义为100.000Da, 所以我们需要设置link如下：

KN-link / -217.02655 @ J | xlink

and also a variable modification like this Remove-J / -100.000 @ J | common3

Note:所有的options适用于检索。Option 2 将查找除 N-K 链接之外的任何 N-N 链接，但不查找 K-K 链接。Options 1&3 除了 N-K 链接之外，还将查找任何 N-N 和任何 K-K 链接。

Appendix

完整的 DSSO 自定义参数为: DSSO / 158.0038 @ K | xlink DSSO / 176.0143 @ K | common2

C3H2O / 54.01056 @ K | common2 C3H4O2S / 103.9432 @ K | common2 C3H2SO / 84.982635 @ K | common2

关于Protein Metrics

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王蕾 13482181958