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各位尊敬的用户及老师们，炎炎夏日就要来了，伴随着天气的逐步热情，我们的学习热情是不是也高涨起来了呐？~ 今天小编为大家带来了byos软件6月发表的文章，有基础科研，也有表征分析，相信总有一款适合您。 1 Gibbin mesodermal regulation patterns epithelial development https://www.nature.com/articles/s41586-022-04727-9 Proper ectodermal patterning during human development requires previously identified transcription factors such as GATA3 and p63, as well as positional signalling from regional mesoderm1-6. However, the mechanism by which ectoderm and mesoderm factors act to stably pattern gene expression and lineage commitment remains unclear. Here …

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由中国药学会主办、中国药学会生物药品与质量研究专业委员会承办的第十届中国药学会生物技术药物质量分析研讨会，定于2022年8月11日至12日以线上网络直播形式召开。 本届研讨会将搭建生物制品质量研究与质量控制技术交流平台，围绕当前我国创新药的发展趋势和监管要求，分享和深入研讨包括细胞治疗与基因治疗药物、疫苗、抗体与抗体偶联药物、mRNA、重组技术药物等的质量控制技术与分析方法等内容。届时将邀请来自生物医药行业及科研领域的著名行业专家进行专题报告，报告内容涵盖理化特性分析、活性分析与功能评价等。 各位老师，一年一度的中国药学会生物技术药物质量分析研讨会已火热开启报名啦，具体信息请关注【中国药学会】官方微信公众号或点击“阅读原文”跳转网页。由于疫情原因，今年的会议无法和老师们在线下相约，如有任何咨询与需求，欢迎随时与我们联系！ 精彩回顾 需要了解Byos软件的用户老师们，欢迎联系 王蕾 13482181958 点击“阅读原文”，即刻报名CPA会议

Summary 本简报简述了在蛋白药物产品中的HCP分析挑战。提出了一种用于HCP来源肽段的HPLC-MS/MS 数据评估的改进策略。 在全扫描 MS 水平上，增加了非特征性肽段匹配和序列相近蛋白质的匹配算法，结合基于特征性肽段的碎片离子质谱的鉴定，显著增加了检测到的肽和 HCP 的数量。 Introduction 生物制药的生产中，有部分会涉及到在宿主细胞中表达重组蛋白，然后对该目标蛋白进行纯化。尽管在这个过程中有着严格的纯化程序，但宿主细胞蛋白(HCP) 可能还是会被共同纯化并保留在最终的药物产品中，这就可能会降低产品的安全性和功效。因此，在生物药物的生产和放行过程中，必须使用高灵敏度的分析方法来识别和量化残留的HCP。 高效液相色谱与串联质谱(HPLC-MS/MS) 相结合的方法对于监测HCP 有其特殊的优势，它可以做到对于HCP蛋白信息的注释。 以前的研究倾向于通过实验室前处理步骤的优化来提高可定性到的宿主细胞蛋白的数量，但是，采集到的MS/MS数据却还是使用标准设置来进行分析。在本文中，则采取另一种在分析水平上的改进，基于HCP衍生肽的HPLC-MS/MS数据分析策略。该数据评估流程结合了：(a)基于从碎片离子鉴定到所有肽的概率对蛋白质进行推断与(b)在全扫描MS水平上的肽检测(即使在没有MS/MS的情况下)。我们的方法可以在现有的 HPLC-MS/MS分析流程中，成为可以用于大分子表征以及工艺开发背景下的强有力的分析工具。 Experimental Conditions Esser-Skala等，2020[1]提供了完整的实验细节。 这项工作采购了五种药物产品：单克隆抗体利妥昔单抗(MabThera®) 和贝伐单抗(Avastin®)，以及融合蛋白依那西普（不同的2个生产商：Enbrel®生产批次（美国和欧盟）和批准的生物仿制药Benepali®）。所有这些蛋白药物均源自 CHO 细胞中的重组表达。 本次研究分成为两个策略，第一种研究策略是HCP鉴定最基本的分析流程，包括胰蛋白酶酶解、RP-HPLC-MS/MS的谱图分析和针对 CHO细胞数据库的蛋白质鉴定分析，如图1左侧所示。在做酶解之前，将蛋白质β-半乳糖苷酶和β-乳球蛋白添加到样品中。 第二种研究策略是使用了protein-A 亲和Fcdomain-containing therapeutic proteins进行分级的方法，如图1 所示。在纯化前，将蛋白质β-半乳糖苷酶和β-乳球蛋白添加到样品中。收集在therapeutic protein通过protein-A后不同的穿流馏分及洗脱液，并对其进行分析。 在上述样本胰蛋白酶酶解后获得的肽混合物中加入Hi3 标准品，并在配备分流(1:100) 的Thermo Scientific™ UltiMate™ 3000 HPLC 系统和Waters 150×0.30 mm ACQUITY UPLC® CSH™ C18色谱柱上进行三次分析。MS选用的是Thermo Scientific™ Q Exactive™ Plus-Orbitrap 质谱仪。 获得原始数据后，使用Protein Metrics Inc. Byos® v3.4-72-g5fd2d85e63 …

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各位尊敬的老师，上期小编给大家带来了AAV表征中的分子量及肽图的应用案例，本期继续给大家带来核苷酸质谱检测的实际案例，本次案例由PMI公司和Agilent公司联合发布，前期实验及数据采集由Agilent公司完成，数据分析由PMI公司完成。 寡核苷酸指的是一类的短链核苷酸，它们通常有16-50个碱基。因为其可以通过基因沉默、剪接调节、基因编辑等作用来影响基因的表达，从而改变蛋白功能。因此，作为药物时，可以治疗多种疾病。但是其发展依然还存在许多挑战，比如如何保持寡核苷酸稳定的结构，从而保留被功能酶及功能蛋白所识别的能力。那么今天就为大家介绍下，质谱分析可以如何快速准确地分析寡核苷酸。 DAY POSTER 联系我们 对软件数据呈现及分析实际操作感兴趣的老师，欢迎扫描上方二维码留下您的信息或联系PMI中国区负责人：王蕾，13482181958，我们将竭诚为您带来专业的表征分析体验。

AAV是由一个二十面体蛋白外壳和一个大约4.7千碱基(kb)的单链基因组构成。衣壳由三种病毒蛋白(VPs)构成:VP1、VP2和VP3。完整AAV作为保护和递送寡核苷酸治疗剂的载体。 AAV衣壳蛋白(VPs) 对病毒感染性和载体效力至关重要，对AAV载体的组成病毒衣壳蛋白进行完整表征，包括其序列和翻译后修饰(PTM)，来确保AAV产品的质量和一致性是非常重要的。并且，用于基因治疗的临床级AAV载体的cGMP 生产中，需要AAV载体具有良好的特征。AAV血清型的鉴定测试是确保产品安全性和有效性的关键表征分析之一。 今天小编为大家带来区别于传统SDS‐PAGE、ELISA或者Western blot等，基于LC-MS进行肽图及完整分子量的分析应用文集，帮助您可以更快速找到样品间的差异。 有需要中文完整版的老师，请点击文末”阅读原文”留下您的信息或者联系PMI中国区负责人:  王蕾 13482181958 参考文献： Jin X, Liu L, Nass S, O’Riordan C, Pastor E, Zhang XK. Direct Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis for Complete Characterization of Recombinant Adeno-Associated Virus Capsid Proteins. Hum Gene Ther Methods. 2017 Oct;28(5):255-267. doi: 10.1089/hgtb.2016.178. Epub 2017 Jun 16. PMID: 28627251. 点击“阅读原文”,索取完整全文

抗体从头测序在生物制药行业的应用范围从发现新的抗体候选药物，到鉴定用于研究的试剂，以及确定用于生物仿制药开发的创新产品的一级结构过程中都是极其重要的。并且，抗体分子本身的一级结构，特别是其CDR区域的氨基酸序列是发挥其生物学功能的核心，对其完整序列准确快速的分析具有十分重要的意义。 在过去，Edman降解以及Edman降解与质谱法的结合已经普遍地用于确定完整的蛋白质序列。如今，有许多算法和软件包可用于在肽水平上基于纯质谱的从头测序，这些算法使用MS/MS碎片数据和每个肽的前体离子质量的组合来预测推定的肽序列。同时，一些软件包通过将从头测序的肽段信息与蛋白质组数据库搜索相结合，能够将已识别的肽段匹配到同源序列上，从而完成蛋白的从头测序的工作。 然而，抗体序列的多样性对上述肽从头测序和数据库匹配策略提出了更高的要求。不同的抗体序列针对特定抗原都会进行微调，来最大限度地提高蛋白质与蛋白质间相互作用。并且，每个免疫反应都会产生独特的序列，而这些序列在蛋白质组数据库中无法得到注释。 今天，小编为大家带来了Symphogen公司首席科学家：Dan Bach Kristensen在抗体从头测序中的实际案例。案例中使用了单克隆抗体从头自动测序的新算法Supernovo™（Protein Metrics Inc.）。该算法中囊括了肽从头测序、蛋白质组数据库搜索、抗体编码外显子的计算机重组以及从已识别肽的最终序列组装的组合，以自下而上的蛋白质组学策略对单克隆抗体进行自动测序。 分享节选 完整视频 已关注 关注 重播 分享 赞 关闭 观看更多 更多 退出全屏 切换到竖屏全屏退出全屏 ProteinMetrics已关注 分享视频 ，时长06:17 0/0 00:00/06:17 切换到横屏模式 继续播放 进度条，百分之0 播放 00:00 / 06:17 06:17 全屏 倍速播放中 0.5倍 0.75倍 1.0倍 1.5倍 2.0倍 超清 流畅 您的浏览器不支持 video 标签 继续观看 单抗药物从头测序的应用案例分享 观看更多 转载 , 单抗药物从头测序的应用案例分享 ProteinMetrics已关注 分享点赞在看 已同步到看一看写下你的评论 视频详情 …

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点击文末“阅读原文”即刻报名 各位尊敬的Protein Metrics用户，Byos已在3月更新至最新版本v4.4，涉及的模块为：Byonic™、Peptide Analysis (Byologic®), Chromatogram Analysis (Byomap™), Intact Analysis (Intact Mass™), Supernovo™, Footprint™, 和Preview™。 鉴于目前全国疫情仍旧严峻，Protein Metrics中国将于4月18日14点举办一场Byos V4.4 更新介绍线上会，期待与您“云”上相约。   课 程 内 容 更新综述如下： Byonic™ 对二级质谱图的自定义阈值设定，可进行数据过滤。 靶向蛋白与相似序列污染物肽段的搜索功能开通。 Peptide Analysis(Byologic®) Processing nodes 窗口命名重命名。 Unify API (by waters) 的DDA数据已可直接导入byos 中的peptide 模块。 Xlinking 信息可直接在peptide模块中查询阅读。 蛋白的分子量、等电点信息已添加如覆盖率阅读窗口。 ChromatogramAnalysis (Byomap™) 样本对比界面增加质谱数据添加参考功能。 增加支持直接导入Peptide模块中的Xlinking 信息功能。 增加二硫键和非二硫键修饰的注释功能。 增加通过自定义保留时间参数确认糖链信息功能。 增加自定义修饰功能。 Intact Analysis(Intact Mass™) 用户界面更新，可提供多个峰的同时分析。 增加了可设定超过理论分子量20%的自动匹配功能。 …

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上世纪90年代Genentech的Paul Carter团队发明了Knob-into-Hole结构的双特异性抗体，成为第二代双特异性抗体的典型代表。第二代双特异性抗体有近似天然IgG的结构及稳定性，在表达及下游工艺方面也有了很大提高。Roche/Chugai使用Knob-into-Hole技术的Emicizumab（factor IX and factor X bsAb）于2017年11月获FDA批准成为第二个在美国上市的双特异性抗体。 Knob通过用一个较大的氨基酸取代位于其中一条链与CH3交界处的氨基酸来实现，Hole则用一个含有小侧链的氨基酸来替换另一条HC相对位置的氨基酸来实现，Knob和Hole的存在使同源二聚体间由于存在较大的空间位阻而难以形成，从而促进了HC型异源二聚体的形成。 但是，由于它们的复杂性，这些双特异性抗体可能导致不同降解产物的增强。关于这些分子的稳定性确证仍然很大程度上缺乏。为了解决这一问题，小编为大家带来一篇：应用了一系列应激条件，包括温度升高、pH值、氧化剂和通过葡萄糖培养强制糖基化，以识别和功能评估双特异性抗体的互补决定和保守区域的关键质量属性的报道。 其中：Peptides of interest were identifified by searching manually for their m/z values within the mass spectrum and quantifified with the BYOLOGIC PMI (Protein Metric Inc.) software tool. 原文地址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.1c06305?fig=abs1&ref=pdf 或点击“阅读原文”，查看此文献