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第一期 糖蛋白基础入门 Protein Metrics 高准 糖蛋白生物合成 N糖分类 O糖分类 聚糖符号命名法（SNFG） N糖命名法 Byos中糖蛋白的可视化 本文简要介绍糖蛋白生物合成，糖蛋白分类，聚糖符号命名法以及N糖命名法等基本内容，帮助分析学家快速入门。 01 糖蛋白生物合成 蛋白质糖基化是指碳水化合物与多肽共价连接。碳水化合物修饰包括单个单糖和复合碳水化合物链，两者均称为聚糖。蛋白质糖基化是一种非模板化过程，由糖基转移酶介导，负责聚糖的起始或延长，以及寡糖基转移酶，负责添加整个碳水化合物链。在细胞中，糖基转移酶或寡糖基转移酶、碳水化合物转运蛋白和糖苷酶之间的复杂相互作用精细调控蛋白质上观察到的聚糖结构。 N 糖始于内质网 (ER)，其中寡糖 N2M9G3 以共翻译方式转移到新生糖蛋白的天冬酰胺残基上，该寡糖被葡萄糖苷酶和甘露糖苷酶修剪为 N2M8。随后在高尔基体中，N 糖经历进一步的修剪和延长步骤，生成多样性的 N 糖结构。 与 N 糖的共翻译开始相反，O 糖发生在折叠蛋白上，并由单糖转移到丝氨酸和苏氨酸残基上引发。某些形式的 O-糖，如 O-岩藻糖和 O-甘露糖始于内质网，而粘蛋白型 O-糖和糖胺聚糖链的生物合成始于高尔基体。 02 N糖分类 N 糖包括少甘露糖型、高甘露糖型、复杂型和杂合型等聚糖结构。 少甘露糖型聚糖在具有可变核心岩藻糖的壳二糖核心上带有一至三个甘露糖 (Man) 残基。 高甘露糖聚糖含有仅由甘露糖组成的末端分支。 复杂和杂合聚糖的触角中可能含有半乳糖 (Gal)、N-乙酰葡萄糖胺 (GlcNAc)、N-乙酰半乳糖胺 (GalNAc)、岩藻糖 (Fuc)、N-乙酰神经氨酰酸 (NeuAc) 和 N-羟乙酰神经氨酰酸 (NeuGc) 残基，杂合聚糖还含有未取代的末端甘露糖残基。 03 O糖分类 粘蛋白型 O 糖有八种核心结构，均由GalNAc引发，但在组成和分支结构上不同。使用代谢寡糖工程方法引入的非典型聚糖也是可能的；对于非典型聚糖，带有化学手柄（如炔烃或叠氮化物）的单糖可进行特异性标记和/或富集。 …

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复杂半胱氨酸工程化Stapled scFv中二硫键的优化和表征 Abby J. Chiang2, Elsa Gorre1, Alexander N. Barnakov1, Christopher Sauer1, Reiko Kiyonami3, Min Du3, Andy Mahan1, Hirsh Nanda1 1 Johnson & Johnson Innovative Medicine, Spring House, PA  2 Protein Metrics Inc., Cupertino, CA  3Thermo Fisher Scientific, Lexington, MA 简介 •   多特异性抗体是下一代生物治疗药物。由可变轻链 (VL) 和重链 (VH) 组成的 scFv 结构域至关重要，但其稳定性较低且容易聚集。  •   我们 (mAbs.2023) 揭示了一种 Stapled 策略，在 VL …

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Protein Metrics 简化融合蛋白Blinatumomab表征的样品制备和数据分析的Middle-down方法 Antony Harvey1, Lucy Fernandes1, Andreas Nägeli2, Magdalena Widgren Sandberg2 1Protein Metrics, Boston, MA;  2Genovis, Kävlinge, Sweden. 摘要 目的：使用靶向连接子酶切和自动化数据分析工具对融合蛋白进行Middle-down分析。新一代生物制药结构通常包含具有多个 GS 连接子的结构域以抵抗蛋白水解。使用 GlySERIAS™ 蛋白酶酶切融合蛋白 Blinatumomab 的富甘氨酸连接子，并通过 LC-MSMS 分析所得的片段。采用 Byos® 的Intact Workflow自动去卷积并鉴定碎片质量数。利用Middle-down测序来确认酶切位点。 简介和策略 融合蛋白可结合多个蛋白结构域，从而解决特定治疗难题。通常，这些结构域使用包含多个甘氨酸残基(G)的连接子或穿插有丝氨酸 (S) 的(GS) 连接子。这些连接子专为抵抗蛋白酶降解而设计，因此难以通过传统的 LC-MS 方法进行分析。 Middle-down策略： GlySERIAS™ 用于水解融合蛋白 Blinatumomab 中的柔性连接子。使用固定化酶，使连接子酶切更完全。 使用 Bruker Impact II QTOF 采集LC-MS/MS数据 ，在 Protein Metrics Intact Workflow中处理原始数据文件。 酶切片段的鉴定和序列确认 …

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微流液相色谱/高分辨质谱法测定生物样品中抗体药物偶联物的药物抗体比 Kazuko Inoue1，Ayako Kurimoto2， Toshiki Mochizuki1，Nana Kasamori1， Takafumi Komori1 1Eissai，日本； 2Protein Metrics，美国马萨诸塞州波士顿 摘要：药代动力学研究需要定量体循环中的ADC 上的抗体和药物，因为抗体结合的药物在 ADC 的药理活性中发挥着重要作用。使用配体结合试验法（如 ELISA）可以通过全抗体定量测定生物样品中的 ADC。然而，用于结合 ADC 中有效载荷的人源化抗体通常来源于人 IgG 亚家族，因此难以从血浆或血清等生物样品中分离目标 ADC。 本研究检测了市售沃瑟妥珠单抗 Mc-VC-PAB-MMAE ADC（沃瑟妥珠单抗 MMAE ADC）在血浆（人、食蟹猴和小鼠）中孵育时 DAR 保留的种属特异性差异。 1 简介和方法 为了开发适用于 ADC 的预处理和分析工作流程，我们使用了沃瑟妥珠单抗马来酰亚胺基己酰-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基甲基澳瑞他汀 E。 沃瑟妥珠单抗 MMAE ADC 在小鼠、猴、人血浆和 PBS 中于 37℃ 下孵育 0、24、48 和 72 小时，一式三份。为获得生物素化人 CD27 (hCD) 和沃瑟妥珠单抗 MMAE ADC 偶联物，将生物素化 hCD27 …

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一起回顾Protein Metrics在2024年CBA-China年会上的精彩瞬间！ Protein Metrics于2024年6月28、29日在苏州国际博览中心参加了2024首届美国华人生物医药科技协会CBA-China中国年会。在本次展会中，Protein Metrics中国团队和众多优秀的老师们针对Byos软件进行热烈的交流探讨，并围绕“生物制品分析数据的数字化”展开集中讨论。同时，特邀嘉宾翟相林博士也分享了“未来实验室”现状的主题报告。 接下来，让我们一起回顾Protein Metrics在展会上的精彩瞬间！ 展台前的精彩互动   左右滑动查看更多 展台前，王蕾和高准正在与参会老师进行交流，让更多的老师同学知道，Byos软件既适用于生物制品的结构表征分析，同时也可以进行组学数据的解析。 “未来实验室”现状的主题报告 杨森制药公司、高级科学家翟相林博士正在和大家分享 “未来实验室”现状：用于生物制剂高通量质谱分析的全自动系统。  Panel Talk——  生物制品分析数据的数字化  生物制品的质量控制是确保产品质量和安全性的关键步骤。 本次Panel Talk围绕“生物制品分析数据的数字化”展开，从质量控制中涉及到的生物制品分析类型，延展到数据存储、转运的方式，最后聚焦于数据安全性、自动化等问题。 • Protein Metrics中国区工程师高准，为大家介绍了生物制品在表征分析中常会涉及到的分析类型，会产生的数据量，以及整个项目流转中常见的流转及存储方式，最后分享了对未来趋势的观点。 Binocular Vision (Shanghai) Co., Ltd.的创始人及CEO, Tom Blackadar，为大家带来了数据安全重要性的分享，例举了他和日本企业的项目合作经验，重点讲解了合作项目中对于数据安全性的解决方案及未来分析数据数字化的观点。 Protein Metrics中国区负责人王蕾 Founder & CEO of Binocular Vision, Tom Blackadar Protein Metrics中国区工程师高准 对话嘉宾：杨森制药公司、高级科学家翟相林博士 • 未来发展的规律总能看到相似处，翟相林博士也给大家分享了他本人曾经在工作中遇到的数据安全上的真实案例，一步未走好，最后损失的可能无法衡量。 借此问题，翟博慷慨的分享了现阶段美国杨森公司是如何通过分析数据的数字化、自动化来最大程度保证数据安全性、提升项目效率的解决方案。 结语 此次展会收获颇丰，Protein Metrics中国团队与众多优秀的同行老师们共同探讨了生物药物质量控制和分析的趋势和挑战。欢迎大家继续关注、了解我们的产品和服务，期待再次相遇！ 关于Protein Metrics Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国加州。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过150个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： …

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根据 MS/MS 数据建立样品 特异性N-糖数据库的网络方法 Aliana Tang1，Marshall Bern2       1皮蒙特高中，美国加利福尼亚州皮蒙特             2Protein Metrics LLC，美国马萨诸塞州波士顿 简介 糖对于许多生物过程至关重要，比如蛋白质折叠和细胞间通讯  约一半的哺乳动物蛋白质是糖基化蛋白  质谱在蛋白质和糖蛋白研究中的应用十分广泛  数据库搜索软件是根据串联质谱数据鉴定蛋白质的主要方法。该方法的要求如下：  ✔ 完整的蛋白质数据库——得益于方便的基因组测序，此要求通常都可以满足 ⚠️ 对于糖蛋白，还需要完整的糖数据库——此要求通常难以满足；往往只具备不完善的信息 目标是开发出能建立更优的 N-糖数据库的软件，从而根据质谱数据本身建立样品特异性糖数据库，而不是仅仅依赖已有的糖数据库 01 方法 编写基于网络的分析软件，使用更多糖数据扩充初始（“种子”）糖数据库，从而构建更完整的糖数据库 我们测试过的算法包括： 算法 1（不使用网络）：对于每一幅 MS/MS 谱图，一旦发现 N-糖基化特征峰就推断出糖并添加到糖列表中  算法 2（单网络）：根据算法 1 推断出的糖构建网络或图表，其中每个节点都是一种糖，每条边缘连接质量数相差一个单糖（HexNAc、Hex、Fuc 等）的两个节点。仅从尺寸 ≥ 3 的簇中选取节点构建糖列表。  算法 3（多网络）：将算法1推断出的糖分成一个个小框，使每个框中的所有糖都具有相同的裸肽质量数。在每个框中，遵循算法 2 的步骤计算。 测试使用的所有数据集均下载自 MassIVE 或 PRIDE 02 算法概念示例 算法 1（不使用网络） 为方便起见，质量数都使用近似整数 P = …

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倒计时三天 Protein Metrics与您相约 2024首届CBA-China年会 美国华人生物医药科技协会(Chinese Biopharmaceutical Association -USA，简称CBA）首届CBA-China年会将于2024年6月28日-29日在苏州盛大举行。本大会邀请了众多国内外重量级嘉宾，围绕大小分子、ADC药物、多肽、核酸、AI及新技术、等主题，展望生物医药行业的未来发展，研讨如何提高临床研究和新药研发的效率与质量。 Protein Metrics作为一家全球领先的质谱数据解析软件供应商也将亮相本次会议。我们将携专业团队期待各位老师的莅临和交流。 一 会议概况 时间 2024年6月28-29日 地点 苏州国际博览中心 展位号 D0035 二 主题报告 时间 6月28日 下午13:25~13:50 会场 分会场四 大分子领域—A馆(A206-207) 主题 双特异及多特异性抗体研发 主讲人 翟相林 Protein Metrics, LLC(美国); 杨森制药公司(强生美国)高级科学家 报告题目 “未来实验室”现状：用于生物制剂高通量质谱分析的全自动系统 三 中央舞台Pannel Talk 时间 6月28日下午 15:30~16:00 讨论话题 1、生物制品行业表征技术的现状与发展 2、聚焦表征过程中遭遇的关键痛点及应对策略 3、展望表征技术的未来趋势 4、行业前沿Workflow分享：创新实践与技术突破 在此次展会上，您将有机会亲身体验Protein Metrics的先进质谱分析解决方案。包括： ·Byos®：一款基于桌面的应用程序，可以用来分析大分子的LC以及LCMS数据。软件兼容各个品牌的质谱仪器数据，自动化处理及报告。 已关注 关注 重播 分享 赞 …

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Protein Metrics 高准编译 针对完整蛋白质分析和色谱工作流程的Trace Peak设置 简介 自定义洗脱峰设置， 可实现自动峰识别并简化工作流程， 适用于各种类型样品。 Intact, Oligo和Chromatogram模块均有此功能。 01 摘要 项目创建过程中的洗脱峰设置 导入Trace：嵌入式和非嵌入式Trace 选择Trace类型和Trace peak选项 自定义Trace peak选项 编辑Global Trace peak过滤器 创建项目后的洗脱峰设置 自定义编辑洗脱峰 手动编辑洗脱峰 编辑Global Trace peak过滤器 02 项目创建过程中的洗脱峰设置 导入Trace：嵌入式和非嵌入式文件  将原始文件拖放到 Samples Table 中后，任何嵌入式Trace将自动填充到Traces table（图 1）。 图 1.嵌入式Trace自动填充 Traces Table 如果 MS 控制软件未捕获到Trace，请将该Trace导出为 CSV 或TXT格式的 X, Y（强度, 时间）数据，添加到 Samples 选项卡上的对应行，如下所示（图 2）。   图 2.非嵌入式（导出）Trace填充 …

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环肽表征解决方案 01 简介 许多药物，包括环孢菌素，万古霉素等，都是质量为 1000 至 3000 Da 的环状肽或其他受限肽。环肽代表了小分子药物和大分子药物之间的中间立场，通常具有小分子更容易的合成和递送以及大分子的特异性。传统上生物活性环肽是作为天然产物被发现的，但合成生物学和对抗抗生素耐药细菌的需求，正在为加速药物发现提供手段和动力。目前市场上有约 40 种环肽治疗药物，包括抗生素、抗病毒药物和抗真菌药物。但是环肽带来了一些分析上的挑战，包括非核糖体肽（不在基因组中）、非标准氨基酸、大量翻译后修饰 (PTM) 以及二硫键和其他桥。 在这里，我们描述了ByonicTM中环肽的新搜索模式，系统介绍将环肽转化成线性肽，定义非标准氨基酸以及搜库参数的设置方法等。 02 方法 创建fasta文件 环肽定性的难点是缺乏固有的N/C-端和多样化的环化类型，如何在fasta文件中定义环肽的起止残基是搜库成功的关键。Byonic的策略是根据肽键方向（即结构示意图中箭头方向）来线性化环肽，见如下示例： ① 二硫键环化 Somatostatin是通过二硫键（即结构示意图中的曲线）连接的环肽，Byonic将二硫键定义为修饰，可产生1个线性肽，fasta文件如图2所示： 图 1 Somatostatin结构示意图 图 2 Somatostatin线性化序列 ② 头尾酰胺化 Unguisin A为环七肽，在每个酰胺键处随机开环，可产生 7 个线性肽；GABA为非标准氨基酸，Byonic可用残基J（精确分子量为100）添加一个固定修饰替代GABA，fasta文件如图4所示： 图 3 Unguisin A结构示意图 图 4 Unguisin A线性化序列 ③ 侧链氨基到C端羧基酰胺化 Polymyxin B1含有大量非标准氨基酸Dab（2，4-二氨基丁酸）和1个脂肪酸，Byonic分别用X和J替代Dab残基和脂肪酸残基，fasta文件如图6所示： 图 5 Polymyxin B1结构示意图 图 6 Poymyxin B1线性化序列 ④ 侧链羧基到N端氨基酰胺化 …

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