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网络研讨会 ✦ Protein Metrics现已正式发布Byos v5.9版本，新版本带来了多项革命性功能升级！为帮助大家深入了解Byos v5.7至v5.9的核心更新内容，我们诚邀您参加Byos版本更新的网络研讨会。本次会议不仅系统解读新功能，更有实时Q&A环节，解答您在使用中的所有疑问。 01 核心议程 01  Byos v5.9核心功能深度解析 02 Byos v5.7-v5.9重大更新回顾 03 互动答疑：您的问题，我们现场解答！    版本更新亮点    🔹 智能XIC比对与定量升级 🔹 糖组学与交联分析扩展 🔹 工作流与兼容性优化 ……. Byos v5.9更新内容及注意事项 （点击此处了解详情） 02 会议安排 会议时间 2025年7月4日，14:00-14:30 会议地点 腾讯会议  #136-848-039 主讲人 高准, Protein Metrics客户成功科学家 03 注册报名 点击链接 https://meeting.tencent.com/dm/oCzXjfyudfXb 或扫描下方二维码注册报名。 即刻扫码，预定您的席位！ ✅抢先掌握Byos最新功能应用技巧 ✅与技术专家互动交流，解决实际分析难题 ✅下周五14:00，不见不散~ 关于 Protein Metrics Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示 …

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MAM是一种基于LC-MS的肽图分析方法，近年来在蛋白质治疗药物行业得到了广泛应用。由于MAM能够识别并靶向定量多个关键质量属性(CQAs)，此次参与MAM循环比对的研究人员，购买了未消化的市售NIST mAb及获得了胰蛋白酶消化的市售NIST mAb。 对获取的数据进行收集和分析，旨在评估不同实验室间测量方法和样品制备方法的可重复性。本次实验室间MAM研究的目的是确认并改进各实验室用于抗体治疗药物MAM分析的基本技术。 方法 Sample ①NIST mAb (NIST, RM 8671)； 各实验室进行胰蛋白酶消化 Sample ② NIST mAb胰蛋白酶消化标准肽段； (Waters 186009126) 浓度为 0.2mg/mL 各实验室使用相同的色谱及质谱，并且液相和质谱的方法也保持一致。1 1. Nat Protoc. 2023 Apr;18(4):1056-1089 结果 参考肽段的相对峰面积、质量准确度和保留时间的比较 图1. 参考肽段的相对峰面积（仅MS1数据） 图2. 修饰比例 (%) (仅MS1数据) 图3. 各参考肽段的平均质量准确度（单位: ppm） 图4. 各参考肽段的保留时间变化 肽段DTLMISR氧化修饰的百分比总和在两个实验室的数据中存在一些异常值。而对于脱酰胺化的‘PENNY’肽段，其修饰百分比总和并未显示出任何异常值。 有一个实验室针对所购已消化样品的数据出现了异常值，然而，其他参与者的数据中保留时间的重现性相似。这表明本研究中的数据足以用于比较。 结论 对于在日本开展的MAM循环研究，使用独立液相色谱和质谱系统对购买的和内部消化的NIST mAb进行了分析，这些系统仅在MS1模式以及MS/MS模式下获取数据。我们使用Byosphere比较了几种预定义的参考NIST mAb关键质量属性(CQAs) (脱酰胺、氧化、末端赖氨酸丢失和焦谷氨酸化) 的相对丰度。鸟瞰图使研究人员能够快速发现异常值，并改进样品制备、质谱参数和分离条件。 Byosphere的Dashboard功能使用户能够查看不同样本和实验室中的肽修饰率及系统适用性，并能够从大量数据中获得洞察。 作者 Ayako Kurimoto, K. Ilker Sen Protein …

利用NIST单克隆抗体 (mAb) 开展的日本实验室间MAM数据比对案例研究 Read More »

01 引言 在过去的几年中，数据非依赖采集 (DIA) 方法在蛋白质组鉴定与定量分析流程中日益成为标准。随着DIA技术的广泛应用，各种数据处理工具应运而生，其性能和灵敏度均稳步提升。然而，挑战依然存在——例如，如何处理共洗脱的碎片离子、应对海量数据，以及解决因DIA数据的组合特性而导致的计算复杂性。 Protein Metrics, LLC的MS/MS搜索引擎在数据依赖采集 (DDA) 应用于翻译后修饰 (PTM) 工作流程中享有盛誉，已被研究人员和制药公司广泛采用。基于这一基础，Protein Metrics最近推出了一款专为支持DIA数据而设计的新工作流程。本文介绍了为DIA分析量身定制的高性能、可扩展算法原型的开发，这标志着我们在处理复杂蛋白质组数据集方面的能力取得了重大进展。 02 方法 这款新型搜索引擎的原型在现有的Byos®宿主细胞蛋白workflow (HCP)和多蛋白定量(MPQ) module流程框架内进行了评估。在这些测试中，新型引擎被用于替代Protein Metrics传统的Byonic™搜索引擎。 03 结果 比较肽段和蛋白质异构体的检测/定量能力 在本研究中，我们通过引入一款专为适配DIA数据特性而设计的新型搜索引擎，探索了扩展Byos®平台DIA分析能力的新方法。我们的工作聚焦于提升以下三个关键方面： 1、通过利用多同位素信息，增强对离子信号的灵敏度，同时保持对可能影响单个同位素的潜在干扰的稳定性。 2、优化打分系统，以便更好地区分真实匹配和干扰信号。 3、更精准地检测前体和碎片离子信号的共洗脱。 我们的方法围绕在整个分析流程中保持灵活性展开： 在最终评分阶段之前，我们会保留所有在多种电荷态和不同假设条件下匹配到的碎片信号。这确保了任何可能具有价值的匹配都不会被过早舍弃。 新的搜索引擎支持将所有相关的同位素峰（无论是来自棒状还是轮廓模式数据）与观测到的信号进行匹配。 通过纳入轮廓数据，我们提高了对真实信号的辨别能力，即使在存在复杂同位素干扰的情况下，也能实现匹配。尤为独特的是，这种方法允许对原始轮廓数据点进行直接匹配。我们利用多个同位素观测结果来优化前体离子和碎片离子的共洗脱。 最后，我们汇总前体离子峰顶附近多个相邻MS2扫描的信号，以进一步提高匹配的辨别能力和边界精度。 图1. 现有的采用Byonic™的Byos®MPQ工作流程(a) 和配备原型搜索引擎的新型Byos® MPQ DIA工作流程 (b) 均成功量化了所有九种添加的蛋白质。然而，这两种方法在重复运行中表现出的量化变异性水平不同。 图2. 两款引擎间独特序列鉴定结果的比较。这些图以10%的FDR阈值为限制条件，而韦恩图中的数字是基于1%的FDR计算得出的。 图3. 通过反向数据库搜索分析展示出了更高的鉴定率 图4. (a) 由于在远离洗脱峰顶处采集的MS2谱图中噪声增加，Byonic™可能会产生额外的、有时相互矛盾的修饰位点定位结果。(b) 新型搜索引擎整合了洗脱峰顶周围多个扫描的MS2数据，从而提高了修饰位点定位的准确性。 图5. 复杂同位素混合物中鉴定结果的示例 04 结论 与Byonic™相比，这款新型搜索引擎展现出了对真正阳性匹配结果更强的辨别能力。在涉及复杂同位素干扰的具有挑战性的情况下，它能成功恢复额外的鉴定结果。此外，我们还观察到在DIA数据分析中，其量化精度有所提高，这体现在变异系数 (CV) 值降低上。而且，新方法显示出偶发性异构体报告频率的降低，这表明鉴定结果具有更高的一致性和可靠性。 作者 Ignat Shilov, Christian Heckendorf, Abhishek Roushan, Gary Wilson, Claire Bramwell …

DIA中全面的异构体注释与定量分析 Read More »

前言 INTRODUCTION 在生物制药开发过程中，对中国仓鼠卵巢 (CHO) 细胞进行蛋白质组学研究，在药物纯度验证和分析中是至关重要的。全新的多蛋白定量 (MPQ module) 质谱分析工作流程工具将使生物制药研发各个阶段的蛋白质科学家受益。MPQ模块中包含的不同workflow提供了一个全面的框架，可快速鉴定和定量分析复杂CHO混合物中的数千种蛋白质，并采用以蛋白质为中心的高效布局。这个方法简化了从早期细胞系开发到最终分析阶段的流程，最终提高了生物制药开发中蛋白质分析的整体效率和可靠性。 方法 METHODS 本研究使用通用蛋白质组学标准1和2 (UPS1/2) 以及等量的CHO细胞蛋白质组加标物 (spike-in) 对48种蛋白质进行非标记定量分析。样品经过消化，并被处理为单个组分或多个组分。接着，对各种液质联用 (LC-MS) 方法（特别是数据依赖性采集 (DDA)）的横向对比，则是侧重于对诸如速度、鉴定出的蛋白质和肽段数量、缺失值的发生率以及定量水平等指标的比较。关注点包括上述提及的48种UPS蛋白质与CHO蛋白质的理论比值和观测比值。 图1. 包含2种不同条件的所有样本检查视图，使用运行间匹配，对8个样本中不同保留时间的肽段鉴定结果，并使用提取离子流色谱图 (XIC) 进行比对。v5.8 版本新增了“以蛋白质为中心的视图”，使分析人员能够快速筛选和查询特定蛋白质。 检查视图以及自动生成的报告，可通过分析质谱仪的精度、分辨率和酶消化效率，快速评估样品制备质量。 图2. 将通用蛋白质组学标准品1和2中的46种蛋白质（共48种）加入CHO蛋白质组中，测得其相对丰度。 (A) 在等量CHO细胞（包括重复样品）混合的样品中，检测到分子量为6,000至83,000道尔顿的人类蛋白质（每种5 pmol）。相对蛋白质丰度（以百分比表示）反映了CHO蛋白质组实验中，仪器检测和软件识别的差异。 (B) 将48种人类蛋白质的相同复杂混合物制备成浓度动态范围从500 pmol到50 pmol的样品，在与50 pmol CHO蛋白质组（包括重复样品）混合的样品中，也检测到了46种蛋白质，且浓度范围较大。结果表明，仪器检测和软件识别的动态范围符合预期。 图3. 分馏和单次采集条件下蛋白质丰度比较的火山图。 (A) USP1样品的倍数变化范围为2到4，表明从单次采集到分馏数据采集条件，丰度显著增加。 (B) 在USP2样品中，大多数检测到的蛋白质的倍数变化范围为-6到+4，这反映出分馏采集的丰度变化比单次采集的丰度变化更大，这表明由于复杂样品中的离子抑制效应，分馏可以提高检测灵敏度。 结论 CONCLUSION Byosphere中的MPQ module为CHO蛋白质组学研究提供了一种快速、准确且全面的方法。 适用于广泛的生物制药应用，支持更快、更可靠的决策。 持续改进蛋白质组学分析，为工艺开发和法规遵从做出重大贡献。 致谢 感谢强生创新医药和Protein Metrics LLC团队成员的合作与贡献。 作者 Alex Zhai¹², Ilker …

MPQ模块在CHO细胞蛋白组学中的研究进展 Read More »

Protein Metrics – A52展台 01 A52展台 会场首日惊喜 2025年4月17日，第二届未来XDC新药大会在成都医学成——温江皇冠假日酒店盛大举办，本次展会为期两天，汇集了国内外优秀的医药创新企业。 作为全球领先的质谱数据解析软件供应商，Protein Metrics携核心技术亮相A52展台，中国区负责人王蕾及亚太区技术工程师高准也全程出席本场展会，我们诚挚邀请您莅临现场： ✅ 深度体验前沿质谱数据解析解决方案✅ 一对一交流软件应用场景✅ 解锁精准药物研发的高效工具 02 A52展位 现场交流盛况 Protein Metrics中国区负责人王蕾正在热情地向驻足的老师们展示Byos产品手册，介绍Byos软件在ADC领域的应用案例。 高准工程师正在详细地向老师们介绍Byos平台不同模块功能的应用方向。通过模块化架构拆解与跨学科应用案例的穿插演示，向老师们全面展示了Byos平台的功能性。 03 A52展位 更多会议现场 4月17日-4月18日 Protein Metrics在A52展台期待与您相见 让数据分析更智能 让药物研发更精准 关于Protein Metrics  Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾    13482181958 往期推荐 ■  如何在Byos中修改聚糖命名法和添加卡通图 ■  天冬酰胺脱酰胺定量 ■  亲水作用色谱联用质谱 (Byos®) 在腺相关病毒衣壳蛋白表征中的应用 ■  腺相关病毒（AAV）表征：肽图法与完整分子量法的对比

会议预告 2025年4月17-18日，2025未来XDC新药大会将于中国ADC与核药创新的核心区域——成都医学城，盛大拉开帷幕！Protein Metrics作为全球领先的质谱数据解析软件供应商，将携前沿科技和创新解决方案，亮相A52展位，我们诚挚邀请您前来体验，共同探索质谱技术在医药研发中的无限可能。 Byos 蛋白质表征软件 Byos可提供从完整蛋白分子量、还原分子量和ADC药物分子量分析到肽水平分析、色谱分析、从头测序分析、寡核苷酸分析等的工作流程： ■ Intact 去卷积分子量模块 ■ Peptide 肽图分析模块 ■ Chromatogram 色谱分析模块 ■ Byonic 搜库模块 ■ Oligos 寡核苷酸序列分析模块 ■ Digested Oligo 长链核苷酸模块 ■ De Novo 单克隆抗体测序模块 ■ HOS 高级分析模块 参展指南 Protein Metrics 展位 A52 时间：2025年4月17日-18日 地点：成都温江皇冠假日酒店二层 展会亮点 想解锁药物研发的精准分析方案？想对话全球顶尖技术团队？这里就是你的答案！  4月17日，Protein Metrics期待在A52展位与您相见，共同开启医药创新的新篇章！ 关于Protein Metrics  Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾    13482181958

会议预告 Protein Metrics技术支持将携手岛津新加坡团队，共同揭秘LCMS QTOF与Byos如何简化单克隆抗体表征流程，带来高分辨率洞见、自动化工作流程及强化质谱数据分析！ 时间：2025年4月16日 4:00pm-5:00pm 语言：英语 主讲人 会议概要 单克隆抗体表征，精准、高效、稳健缺一不可！本次网络研讨会，我们将深度解析LCMS QTOF系统的技术，如何实现高分辨率、高精度的mAb分析，同时确保稳定性、灵敏度与速度并重。同时探索Byos软件如何凭借数据集中、流程简化及深度查询功能，为工作流程注入新动力。两者携手，打造强大且中立的解决方案，加速生物制品研发、优化质谱流程！ 参加本次会议，您将： 洞悉Shimadzu Q-TOF LCMS-9050在mAb表征中的原理与应用 探索Protein Metrics Byos软件如何简化生物制药分析中的质谱数据处理 深入了解端到端工作流程，从样品制备到色谱柱、消耗品选择，确保各阶段重现性与高质量成果 报名方式 点击文末“阅读原文”或复制以下链接至浏览器打开，进行注册报名： https://www.proteinmetrics.com/events/adv-mab-characterization-shimadzu-pm 关于Protein Metrics  Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾    13482181958

Byos软件内置大量的聚糖信息，如聚糖库，聚糖组成，聚糖名称，聚糖卡通图，聚糖分组等等，允许用户自定义的添加和修改。 修改命名法 Byos软件中默认的聚糖命名法是生物制药命名法，如G1F, G2F等。如果想切换成牛津命名法，如FA2G1, FA2G2等，具体方法如下： 第一步：正常创建项目，选择合适的参数进行设置，点击Create Project，完成数据的分析步骤，得到下图可视化界面及报告界面。 图1 图2 第二步：在图1的分析界面中，首先进行数据筛选，选择需要在报告中展示的信息，例如只关心糖肽，通过下图🔍选项，进行Glycosylation的筛选。 图3 第三步：调取Pre pivot column。 图4 第四步：将调取出的Glycan Short Name的表头columns拖拽至展示columns中。 图5 第五步：报告中自动添加Glycan short name信息。 图6 第六步：修改命名法和添加未收录的糖型。 A：打开Glycan short name脚本，点击✏处 图7 B：将红色方框内生物制药名称替换成牛津名称 图8 C：添加未收录糖 图9 D：更新report，可看到更新后的聚糖名称 图10 创建卡通图 Byos中的聚糖卡通图是按照IUPAC命名法绘制而成，支持自定义添加卡通图。 第一步：查看卡通图。 图11 第二步：如果没有看到卡通图，说明软件没有收录，需要手动添加。 图12 第三步：登陆网站 “Structures” 网址: https://glyconnect.expasy.org/browser/structures 图13 第四步：添加新卡通图。 图14 第五步：IUPAC命名法中含有单糖的连接方式，如上图所示β 4（表示β 1，4糖苷键，1往往会省略），α ? （表示α 1，?糖苷键，?表示未知位点）等。如果不想显示连接信息，可以删除IUPAC名称中括号内的字符。 图15 第六步：选中新添加的糖卡通图，更新report。 …

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天冬酰胺脱酰胺定量 在蛋白质药物中天冬酰胺脱酰胺是一种常见的翻译后修饰，它通常是药物开发过程中强制降解实验考察的重点。许多研究人员在早期研究阶段会去比较不同候选分子的脱酰胺比例并进行筛选，在研究后期对不同批次产品的脱酰胺比例进行比较。总之，无论是出于内部研究的需要还是监管机构的要求，研究人员都需要对蛋白质药物中的脱酰胺进行准确定量。本期文章为大家简单介绍如何在Byos软件中对脱酰胺进行定性和定量分析。 如图1所示，天冬酰胺脱酰胺主要有两种方式：通过水解生成天冬氨酸；首先脱氨形成琥珀酰亚胺，进而开环生成天冬氨酸或者异天冬氨酸。 图1. 天冬酰胺脱酰胺的两种方式 当脱酰胺与未修饰肽段在色谱上有一定程度的共流出时，由于理论上发生脱酰胺的分子量差异是0.984 Da，这种情况下很难对脱酰胺的比例进行准确定量。今天我们介绍下Protein Metrics Byos软件针对脱酰胺的去卷积，定量，报告展示。 我们以IgG1抗体为例，在pH 8.5的条件下分别放置1, 3, 7天。使用Trypsin进行酶切处理，在LTQ-Orbitrap XL(Thermo Fisher)质谱仪上进行数据采集。使用Byos中的PTM workflow对原始数据中的MS/MS谱图进行鉴定，使用肽段的提取离子流图（XIC）峰面积进行定量。脱酰胺与未修饰肽段发生部分共流出，在Byos的搜索结果中，我们可以方便地对共流出情况进行观测。 图2. 发生脱酰胺的…NGQPENNY肽段在Protein Metrics Byos中去卷积前（左）和去卷积后（右）对比图 在图2中左上的XIC图谱实际上是脱酰胺肽段的单同位素峰和未修饰肽段第一个C13同位素峰XIC的总和，右上是在总和的基础上扣除未修饰肽段的结果。 下面我们以IgG1 Trypsin酶切获得的一条常见肽段GFYPSDIAVEWESN387GQPEN392N393YK为例介绍Protein Metrics如何对脱酰胺进行定性和定量。 N392和N393位点脱酰胺分析 为了确认N392位点是否发生脱酰胺，我们在peptide搜索结果中鼠标点击GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段，如图3所示，Byos会在软件对应窗口提供已注释的脱酰胺和未修饰肽段二级质谱图，我们可以用鼠标对图中任意峰进行放大，观察修饰与未修饰肽段碎片例子差异，进而确认修饰位点，从图3可以看出y4离子在脱酰胺肽段与未修饰肽段上有0.984Da差异，进而证明脱酰胺发生于N392位点。 图3. 脱酰胺修饰与未修饰GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段已注释二级质谱图 除了提供已注释二级质谱，Byos可以同时提供修饰和未修饰肽段的XIC 图谱，根据MS2 scan选择合适的积分窗口，如图4所示。图中红色圆点表示当前选择的MS2 scan，粉色圆点表示同一肽段的其他MS2 scan，灰色圆点表示isomer的MS2 scan。 从图上可以看出，保留时间92.5分钟处是N392脱酰胺峰（一个峰）。这与Robinson的报道一致，只有当天冬酰胺的C端为甘氨酸时，会产生琥珀酰亚胺中间体并进一步开环生成异天冬氨酸和天冬氨酸（两个峰），所以N392是通过水解反应直接生成天冬氨酸。当C端为大的疏水性氨基酸如酪氨酸时，一般不易发生脱酰胺修饰，这与本研究相符，在N393上并未发现脱酰胺修饰。 图4. 脱酰胺修饰GFYPSDIAVEWESNGQPEnNYK肽段提取离子流图 如图5和表1所示，Byos可以使用XIC Radio%对多个样本同时进行定量，计算公式如下： 请注意，该公式只考虑单个修饰（比如序列AMNGK发生了氧化和脱酰胺，计算脱酰胺比例时，分母是脱酰胺和未修饰的峰面积；计算氧化比例时，分母是氧化和未修饰的峰面积）。如果肽段含有多个电荷态，该公式会对每个电荷态的XIC Ratio%进行加和或者平均而不是将每个电荷态的峰面积先进行加和或者平均再计算XIC Ratio%。对于脱酰胺，修饰和未修饰肽段均使用单同位素峰定量；对于其他修饰，修饰和未修饰肽段使用相同的同位素峰定量，这个同位素峰取决于未修饰肽段的分子量（Byos默认选择同位素峰簇里响应最高的峰）。 N387位点脱酰胺分析 我们可以用与N392同样的方式对N387位点是否发生脱酰胺修饰进行分析，如图6所示，在y9离子上观察到了0.984Da的差异，证明N387位点发生了脱酰胺修饰。 图6. 脱酰胺修饰和未修饰GFYPSDIAVEWESnGQPENNYK肽段已注释二级质谱对比图 图7. 脱酰胺修饰GFYPSDIAVEWESnGQPENNYK肽段提取离子流图 Byos提取的XIC图谱如图7所示，从图上我们可以看出共有两簇粉色点对应两个峰（91.1分钟和93.25分钟），这说明N387发生脱酰胺后生成了D和isoD，Byos能够对两种形式进行区分和定量，具体操作如图8所示：鼠标右键选择需要进行区分的肽段选择Create new peptide from current…，新建的肽段可以标记为D或者isoD并用于定量，结果见表2。 图8. 从已有肽段创建创建新的肽段示意图 …

天冬酰胺脱酰胺定量 Read More »