Report界面简介
Protein Metrics
“一千个读者眼里有一千个哈姆雷特”, 这句谚语同样适用当今的生物大分子分析结果呈现中，随着分子设计越来越复杂；不同目的的情况下，关注的内容不尽相同，固定格式的报告已经无法满足相应的需求，手动编辑报告便成了“宇宙的尽头”，令人苦不堪言。
Byos中的report编辑界面可以从一定程度上帮助用户减少这样的无效劳动，丰富的自定义功能，支持一次编辑享用整个“生命周期”，解放双手的同时，咱干点能涨“绩效”的活儿不好嘛？~
—— Protein Metrics 王蕾
摘要
Byos提供高度灵活性的报告格式，允许快速出具报告；设计针对性的报告模板，满足多样化需求；支持自定义脚本，方便个性化调整。
软件自动计算DAR值，修饰百分比等关键质量属性；可进行统计学分析，通过图表可视化呈现。分子量和肽图采用相同的归一化策略，多维度给出定量信息。
在这里，用户可以报告任何想要报告的内容。
本文主要从数据透视表的角度来介绍，包括报告排版，自定义修改，归一化以及修饰百分比。
报告排版
Byos的报告排版主要由两部分组成，分别是视图类型和动态列表，如图1所示：
图 1 数据透视表排版
视图类型决定数据呈现方式，Byos提供多种选择，如PCA，热图，火山图，条形图等。
动态列表给出数据细节信息，如名称，序列，分子量，保留时间等。
行字段和列字段均是从动态列表手动拖拽至此，这些数据无法进行后处理。通常行字段显示样品名，样品类型等样本信息；列字段显示蛋白质名称，翻译后修饰等变量信息。
结果与动态列表的字段信息完全一样，区别是此处数据可进行后处理，可计算平均值，相对标准偏差，P值等。
自定义修改
字段颜色
通常字段默认是黑色字体，红色字体表明数据被排除或者隐藏，如图2所示：
图 2 红色字段特征
复选框未勾上表明数据就被排除或隐藏。排除意味着数据不会纳入最终的计算，也不显示；隐藏表示数据已经计算，只是在当前视图不显示。
注意：如果您发现定量结果不合理或者信息展示不全，请先查看有没有红色字段。
数字格式
01
结果数字格式修改
Byos提供各种计数方法，包括数字，百分数，科学计数法等。可按照图3所示进行修改。
图 3 结果数字格式修改
02
字段数字格式修改
点击对应字段，找到数据格式，直接修改，如图4所示：
图 4 字段数字格式修改图
归一化
数据归一化处理得到相对含量，不同的归一化水平给出不同维度的结果。
以归一化到列为例，系统介绍如何解读相对定量结果。归一化水平取决于当前所选列数量，如图5所示：
图 5 归一化水平
当前透视表添加3个列字段，报告自动更新到Level 3。
Level 0表示将每个成分intensity的和进行归一化，所有结果加和是100%；Level 0可以得到样品中每个组分的相对含量，如图6所示：
图 6 归一化到Level 0
Level 1表示将所有结果数据归一化到第1列，共有2行，所有数据加和是200%；Level 1可以得到样品中每个成分在对应蛋白上的相对含量，如图7所示：
图 7 归一化到Level 1
Level 2表示将所有结果数据归一化到第2列，共有7行，所有数据加和是700%；第2列的行与结果数据一一对应，因此所有数据都是100%，如图8所示：
图 8 归一化到Level 2
修饰百分比
PTM 默认报告包含2个定量tab，第2个tab只考虑单一修饰，第4个tab考虑多个修饰。如果一条肽段同时发生了脱酰胺和氧化修饰并且您想要得到氧化百分比，第2个tab计算公式为
，第4个tab计算公式为
。第2个tab的运算逻辑是将每个电荷态的修饰百分比进行加和或者平均；第4个tab是将各个电荷态峰面积先加和或者平均，再计算修饰百分比。第2个tab要求野生型和修饰型含有相同的电荷态，否则结果显示NO WT；第4个tab没有这个限制。
应用实例
图9展示典型的糖肽透视表，包括蛋白名称，序列，修饰位点，糖型通用名，卡通图，相对含量等字段。您可以快速知晓糖型种类，每个糖型的比重，糖肽的位置，是否漏切，酶切特异性等，可以添加任何您想要呈现的信息。
图 9 糖肽透视表
延伸拓展
Byos报告与用户界面是高度互动的，调整用户界面会自动更新到报告，有时需要点一下update。
简单代码修改就可以实现单链、双链甚至是三链DAR值计算，可以添加完全自定义的脚本。提供蛋白质，肽段以及残基等各个水平上的定量信息。
设计大量Pre/Post pivot column，满足多样化定量定性需求，比如指定电荷态进行肽段定量，糖化定量，ADC 药物Drug统计，糖型分组，标记CQA等。
关于Protein Metrics
Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国加州。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics 在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过150个企业和300个科研单位提供服务。
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