January 2026

本文作者：ProteinMetrics 引言 多特异性抗体是新一代生物治疗药物。其由轻链可变区 (VL) 和重链可变区 (VH) 构成的单链抗体 (scFv) 至关重要，但已知稳定性较低且易发生聚集。 我们团队 (mAbs, 2023) 提出了一种通过VL与VH结构域之间引入两条工程化二硫键进行“缝合”的策略。应用于双特异性抗体的缝合型scFv (称为spFv) 技术实现了更高的热稳定性和极低的聚集倾向。 在此，我们展示了一种改进的工作流程，用来解决对缝合型双特异性抗体进行全面二硫键定位分析所面临的挑战。 图1. 缝合型scFv提升稳定性并减少由“构象呼吸”作用介导的scFv聚集（mAbs，2023） 方法 结果与讨论 Byos结果与检查 二硫键验证 酶切特异性 图2. 基于酶切位点的酶切特异性分析。数据分析首先采用”非特异性酶切”方法，该方法识别出ProAlanase的多个酶切位点，从而证明其非特异性。随后使用半特异性KPA酶切方法进行分析，结果显示酶的特异性有所改善。 质谱采集/缝合型scFv (spFv) 检测 图3. 不同的碎裂模式产生独特的MS2。 A) 质谱仪器设置。 B) ETD、HCD和EThcD谱图示例，展示了预期的位于Cys 41与Cys 116之间的缝合型二硫键连接肽段。 结论 需要建立稳健的二硫键定位分析方法，以确认正确的二硫键连接，并评估是否存在任何潜在的错配二硫键。为此，我们在多个阶段进行了优化： 样品制备 引入双酶（LysC+ProAla）酶切方案。 仪器评估 对新款Orbitrap ExcedionPro BioPharma Hybrid MS系统进行了评估。 数据分析 采用Protein Metrics的二硫键分析流程，提升了对缝合型双特异性抗体中预期缝合二硫键的鉴定能力。 Reference Boucher, L. E., Prinslow, E. …

利用Orbitrap Hybrid系列质谱的EThcD技术对半胱氨酸改造双特异性抗体中的二硫键进行全面表征 Read More »

本文作者：ProteinMetrics 双载荷ADC药物Intact分析操作指南 作者 | Protein Metrics高准 特此感谢ACD/Labs团队李明星的技术支持 特异性双载荷ADC能够将两种不同的药物递送至同一细胞内，以克服有效载荷耐药性并增强治疗效果。其结构复杂性为DAR值自动计算带来了一定的挑战，需要同时计算总DAR值和每个载荷的单DAR值。Byos软件凭借强大的去卷积和DAR自动计算能力，广泛应用于ADC药物的Intact分析。 创建双载荷ADC工作流的痛点在于需要手动组合不同数量的载荷，鉴于此我们开发了一个小程序，可自动生成目标CSV文件，操作步骤如下： 01 双击Dual_Payload_ADC小程序，依次输入DL1的平均分子量，DL1（）中的最大数值，DL2的平均分子量，DL2（）中的最大数值。注：DL1代表第一个Drug-Linker，DL2代表第二个Drug-Linker 02 输入主要糖型的数量。0代表脱糖。 03 在小程序所在文件夹会自动生成一个mass_table_output的CSV文件。 04 将CSV文件导入Byos软件。 05 数据分析结束后，导入report报告模板，软件可自动计算总DAR值和每个载荷的单DAR值。 咨询与获取 若您在构建双载荷ADC工作流程中面临挑战，并希望体验这款小程序的解决方案，欢迎联系Protein Metrics中国区经理王蕾，咨询并获取安装包。 联系方式：+86 13482181958 邮箱地址：mwang@proteinmetrics.com 关于Protein Metrics Protein Metrics专注于蛋白质、多肽及oligo类的分析软件解决方案，为生物制药、生物技术和学术研究等领域提供先进的质谱数据解析方案。其Byos平台支持所有主流LC-MS/MS仪器数据处理，涵盖蛋白质组学、分子量测定、翻译后修饰分析、蛋白高级结构、游离糖链、色谱注释等功能，全方位服务蛋白质、生物大分子及核苷酸类的分析研究。目前已为全球超200家企业、300家科研单位提供服务。 联系我们邀约演示： 王蕾  +86 13482181958

本文作者：ProteinMetrics 文献速递 ADCs是化学和结构复杂的分子，因为异质性既来源于L/P (例如，偶联位点数量、异构偶联位点、L/P降解产物)，也来源于抗体 (例如，糖基化变体和其他翻译后修饰)。这种高度复杂性带来了重大的分析挑战，在ADC开发过程中，一个定义明确的多级分析控制策略至关重要。先进的分析技术，特别是液相色谱与质谱联用 (LC-MS)，对于表征ADCs和在整个开发过程中监测其质量属性至关重要。 抗体和L/P共同决定了整体的药代动力学和药效学体内特性，微小的变化可能显著影响疗效和安全性。例如，药物-抗体比率和药物负载分布影响效价和稳定性，而连接子化学决定有效载荷在循环期间是否保持稳定连接或过早释放。在体循环过程中有效载荷过早释放可能导致脱靶毒性和抗肿瘤活性降低，而过度的稳定性可能阻碍细胞内药物释放并损害疗效。因此，在整个ADC开发过程中评估ADC的生物转化和体内稳定性对于确保安全性和有效性至关重要，这些评估目前受到监管机构的重视和期待。 文章概要 本文为Symphogen (Dan and team Denmark) 公司发布，文章提出了一种基于天然亲和LC-MS的替代方法，该方法消除了药物负载种类的色谱分离，转而依靠高分辨率精确质量质谱进行物种鉴定。这种简化的工作流程能够直接从复杂的生物基质中快速、自动化地测定关键质量属性，包括DAR (drug-to-antibody ratio)、DLD (drug-load distribution) 和相对药物丰度，无需任何预先的样品富集。 其核心创新点可以提炼为以下几点： 1 首创性的“单维”分析方法 创新本质：开发了一种“一维”天然亲和LC-MS (1D aLC-MS) 方法，省去了传统方法必需的off-line富集和反相色谱分离步骤。 技术优势：直接将复杂基质 (如血清) 中的ADC样品注入亲和柱 (POROS CaptureSelect FcXL)，通过一步洗脱后进行高分辨质谱分析，实现了从样品到结果的极简流程。 2 选择性亲和捕获技术的优化与应用 关键材料创新：摒弃了常用的Protein A色谱柱，选用并验证了POROS CaptureSelect FcXL亲和色谱柱。 选择性飞跃：该色谱柱对人源IgG具有远高于Protein A的特异性，在分析血清等复杂基质时，能最大程度地排除小鼠血清蛋白（如补体因子H、转铁蛋白）的共洗脱干扰，从而获得更纯净的ADC MS信号。 3 基于完整质谱的定量与定性分析 方法学创新：将分析重心从传统的色谱峰积分完全转向高分辨精确质量质谱的谱图解析。 直接测定关键质量属性：仅凭解卷积后的完整分子量质谱图，即可直接、同时、自动化地计算出药物抗体比率、药物负载分布和相对药物丰度，无需依赖色谱分离不同载药量的物种。 4 针对ADC脆弱性的质谱条件深度优化 系统化参数优化：深入研究了影响ADC MS信号的关键电离源参数，明确了： 气化器温度：200–250°C为最佳范围，兼顾信号强度与防止连接子-有效载荷碎裂。 源内碰撞诱导解离：设定为低值 (70V)，以最小化加合物形成，同时避免易碎连接子-有效载荷的碎裂。 吹扫气 (sweep)：发现其会显著降低信号并增加碎裂，最终设定为0L/min，这一发现具有重要指导意义。 5 …

文献速递 | 基于天然亲和LC-MS的ADC快速分析与稳定性监测新方法 Read More »

本文作者：ProteinMetrics 摘要 本文针对交联肽段匹配鉴定结果进行说明： Byos如何为每个交联肽段分配“Sequence”与“Xlink Partner Peptide Sequence”的标注。 以及“Score”与“Xlink Score”分别如何对应。 引言 Byos支持交联肽段匹配分析的检测与鉴定，可以同时对两个交联肽段进行MS/MS分析。Byos通过“Sequence”、“Xlink Partner Peptide Sequence”、“Score”和“Xlink Score”字段报告肽段序列及其MS/MS Byonic评分。Byos需确定交联肽段匹配分析中的每个肽段应分配给哪个字段，其分配逻辑旨在简化结果评估与报告流程。 注意： Byos可检测超过两个交联肽段，但仅对其中两个肽段序列进行MS/MS分析。其余额外交联肽段仅作为MS1母离子质量位移被检测，不进行MS/MS解析。 Sequence与Partner Peptide Sequence 分配逻辑 当鉴定出交联肽段配对时，一个肽段序列被标注为“Sequence”，另一个则标注“Xlink Partner Peptide Sequence”。分配规则是：在工作流程蛋白序列列表中位置最靠前的肽段将被指定为“Sequence”。图1所示的二硫键连接配对示例说明了该分配逻辑的实际应用。 图1. 在Byos中鉴定出的S-S肽段配对分析示例 如果图1中的配对代表链内二硫键，则肽段序列VYACEVTHQGLSSPVTK应比肽段序列LSCVASGFIFSNHWMNWVR更靠近N末端，如图2示例蛋白序列所示。 图2. 用于解释Byos对链内二硫键交联分配逻辑的示例蛋白序列。最靠近N末端的肽段序列显示为“Sequence”，而最靠近C末端的肽段序列则显示为“Xlink Partner Peptide Sequence”。 如果图1中的配对代表链间二硫键，则肽段序列VYACEVTHQGLSSPVTK应被分配给出现在Byos工作流程蛋白质表中出现更早的蛋白序列，如图3所示。 图3：用于解释Byos对链间二硫键交联分配逻辑的示例工作流程。分配给在工作流程蛋白质表中最先出现的蛋白质的肽段序列显示为“Sequence”，而分配给在工作流程蛋白质表中较晚出现的蛋白质的肽段序列则显示为“Xlink Partner Peptide Sequence”。 当检测到肽段序列上存在可变修饰，并且该肽段通常会被指定为Xlink Partner Peptide Sequence时，会出现该规则的例外情况。这是因为Byos不允许”Xlink Partner Peptide Sequence”带有可变修饰。例如，如果Byos检测到VYACEVTHQGLSSPVTK与LSCVASGFIFSNHWmNWVR形成二硫键，并且在甲硫氨酸上鉴定到氧化作为可变修饰，那么无论LSCVASGFIFSNHWMNWVR在工作流程蛋白序列列表中相对于VYACEVTHQGLSSPVTK的位置如何，它都会被指定为”Sequence”。 Score与Xlink Score 分配逻辑 当鉴定出交联配对时，一个肽段的MS/MS Byonic评分被报告为”Score”，另一个肽段的MS/MS Byonic评分则被报告为”Xlink Socre”。MS/MS Byonic评分较高的那个肽段评分总是被报告为”Score”，而MS/MS Byonic评分较低的那个肽段评分总是被报告为”Xlink …

Byos中交联肽段匹配分析的Sequence与Score标注 Read More »

本文作者：ProteinMetrics Byos™二硫键 (S-S) 工作流程为二硫键、三硫键和Xlink的鉴定与定量提供了稳健平台。该工作流程旨在减少人工操作并提高结果可信度，整合了自动验证、简化数据审查和可定制报告功能。 核心功能包括： 支持二硫键和crosslink的全面工作流程配置 自动二硫键筛选确保准确分配，减少假阳性结果 具备Xlink label的高级数据可视化功能，便于高效检视复杂结果 可定制报告，实现研究发现的一致性、可重复性文档记录 工作流程设置 Byos软件独立于仪器供应商，支持所有原始文件格式，可直接加载至“Samples”标签页。 蛋白质序列或链可直接加载至“Sequences”标签页。 定义理论二硫键连接： 默认情况下，二硫键工作流程配置为免疫球蛋白(IgG) 分子分析。若分析非免疫球蛋白蛋白，取消勾选“IgG”选项即可。 分析免疫球蛋白 (IgG) 分子时，通过下拉菜单指定Heavy Chains (重链) 和Light Chains (轻链)。 软件会自动在“Disulfide links (expected)”表格中填充相应的二硫键组合。该表格可编辑，以输入用户自定义的理论二硫键连接。 注：软件会自动搜索所有可能的二硫键连接组合。与列出的二硫键模式匹配的肽段归类为“Expected (理论)”，其他组合则归类为“Shuffled (错配)”。 定义交联搜索类型： 二硫键和Crosslink设置位于“Processing nodes”标签页中，属于Byonic (MS2) 搜索参数的一部分。 配置步骤如下： 1、选择Disulfide (二硫键) 、Trisulfide (三硫键) 或Crosslink (交联) 选项。 2、默认情况下，工作流程设置为使用DSS搜索交联键。若使用其他化学交联剂 (如DSSO、DSBU)，需在“Enable Crosslink Custom”下进行配置。有关Crosslink参数设置的说明 (包括支持多个氨基酸残基间的交联)，请参阅“Byonic中的交联搜索”mp.weixin.qq.com/s/dcpo-5MwvKFNwn0BAdJE3Q（可复制至浏览器打开） 3、“FASTA Proteins”选项中的数值表示FASTA文件中蛋白质或链的位置编号。例如： “1,2”表示搜索蛋白质1和2之间的链间和链内二硫键。 “1,2;3”表示搜索蛋白质1和2之间的二硫键；对于蛋白质3，仅搜索其链内和肽段内二硫键，不搜索蛋白质1、2与3之间的二硫键。 项目审查与验证支持 项目创建后，用户可访问检视视图和报告。检视视图用于在二硫键和Xlink纳入报告前进行验证。 肽段表格提供多种筛选选项，助力简化数据审查与验证流程。 结合使用“Search filter”和“Column filters”可缩小待审查肽段范围： 搜索Search filter选择二硫键和交联肽对。 通过“Xlink Class”筛选，可排除Expected二硫键，将审查重点放在Shuffled二硫键上。 除手动验证外，Byos还配备自动肽段验证工具——Disulfide …

Byos™软件的二硫键与Crosslink分析工作流程指南 Read More »

本文作者：ProteinMetrics 摘要 目的： 本文展示了软件如何实现自动化及简化该过程。 样品来自采用既定工作流程的低分辨率（单杆）仪器。 通过软件中提供的自动化功能，工作流程的效率得到提高，并延长了MS仪器的投资回报期。 01 引言 核心问题：传统手动分析寡核苷素质谱数据非常繁琐、耗时（半天/样品），且需要专家经验，导致效率低下、资源利用不足和通量瓶颈。 解决方案：采用Byos软件及其为寡核苷酸优化的自动化工作流程，即使处理来自低分辨率（单四极杆）质谱仪的数据也能实现高效分析。 02 方法与工具包 希望提高效率和方法、同时减少工作流程中的繁琐和浪费的分析科学家。 Protein Metrics的Byos软件中为寡核苷酸优化的模板化工作流程。 采集数据的安捷伦LC-UV-MS系统或其他质谱仪。 酶切消化的寡核苷酸。 03 快速识别和量化杂质 Figure1展示了典型寡核苷酸样品使用的标准40分钟LC运行中的20分钟色谱图迹线（在Byos软件中显示）。蓝色高亮峰显示主峰，因此可以相对于其他峰或自动分配的所有其他峰的总和来量化响应（通过UV或MS）。 用户可以在检查窗格中高亮显示各个峰，通过自动生成的报告（示例见Figure4）执行纯度计算，以执行所演示的工作流程（Figure2）。报告也可以模板化，Figure3显示了一个示例。 安捷伦Chemstation数据（低分辨率）提供了原始数据，并将其导入Byos软件进行处理。LC-UV峰的可视化窗格也链接到MS数据，MS数据自动去卷积至质量数范围。 然后，报告可以比较两种技术，以对杂质的相对水平进行正交分析。该软件可以处理低分辨率MS数据并自动进行峰识别。 可以同时检测未知杂质，用户随后可以对其进行分类（如果可识别）。 寡核苷酸分子鉴定、注释 原始数据去卷积 基于多种度量计算杂质的模板化报告。高亮显示的选项卡显示了为LC-UV峰设置的配置。 包含杂质2和3的集成LC-UV图谱。原始数据自动去卷积至质量数范围，峰的相对强度可用于提供杂质的相对度量。 04 结论：可证明的降低时间成本 >>自动化处理：软件可自动进行峰识别、积分、LC-UV与MS数据关联、数据去卷积（转换为质量数）和杂质鉴定。 >>模板化报告：可自动生成包含纯度计算和杂质定量（基于UV和MS正交分析）的标准化报告，极大减少手动操作。 >>效率提升：能减少60%以上的处理时间，将65%以上的工作流程自动化/半自动化，并自动化报告95%以上的所需数据。 >>准确性：在方法准确性方面，报告显示全长主产物定量与先前数据相比偏差在4%以内，杂质定量偏差在50%以内。 >>灵活性：能够同时处理已知和未知杂质。 作者 Lucy Fernandes2, David Podesta2, Vahid Golghalyani2, lgnat Shilov2, St John Skilton2,  David Benstead1, Edward Wilkinson1 1AstraZeneca, Chemical Development, Pharmaceutical …

寡核苷酸样品自动化LCMS分析 Read More »

本文作者：ProteinMetrics 会议寄语 Protein Metrics中国区第二期实操班已于2025年10月16日在上海圆满落幕！ 炎炎暑气渐渐消去，微微凉风沁人心脾，和您的重逢令人心旷神怡。有老朋友再相聚，也有新朋友来学习，问题的碰撞和知识的分享，热闹亦常。 按照模块问题开展的实操班首轮已全部完结。接下来，我们将围绕热点展开，为大家展示更多不同分子类型的系统性分析方案，逐个项目，为您呈现全套应用案例。更有意义的课程也需要您的支持，如有任何分析难点，欢迎您的留言。您的问题分享，是我们成长的动力！ 会议现场 Protein Metrics中国区经理王蕾开场致辞 Protein Metrics技术工程师高准正在讲解演示 接下来的实操班将紧扣行业热点，重点讲解不同分子类型的系统分析方案。按项目拆解、全案例呈现，助力您快速上手。 欢迎感兴趣的老师持续关注！ 关于 Protein Metrics Protein Metrics LLC是一家全球领先的质谱数据解析软件供应商，公司总部位于美国波士顿。我们为科研和企业用户提供高效准确的一站式质谱数据解析方案，帮助用户发现、解决问题。Protein Metrics在全球范围内提供销售和支持，目前已为超过200个企业和300个科研单位提供服务。 联系我们邀约演示 王蕾   13482181958