引言 ✦ 在此,我们推出全新的多蛋白定量(MPQ)软件工作流程。该Workflow可处理GB级大规模输入数据,并基于样本重复实验生成自动化分析结果,实现对数千种蛋白质的精准定量测量。MPQ模块既可以部署于Protein Metrics公司的Byos桌面软件平台,也可以在Byosphere®云端平台上运行。 本研究中,我们开展了两项基于NIST样本的MAM对比研究。利用MPQ工作流程,我们分析了来自不同实验室及不同样本条件下的样本,并在全蛋白质组维度上对宿主细胞蛋白(HCP)进行了全面鉴定、定量及报告。 供应商中立的定制化工作流程,助力数千种蛋白质的精准鉴定与定量分析: 多蛋白定量(MPQ) 快速分析,即时显示复杂蛋白质混合物的相对丰度 一次性对数千种蛋白质进行无标记定量分析 以蛋白质为中心的分析 动态过滤功能使分析人员能够在项目创建期间和之后控制肽段定量 多蛋白预览以自动评估样本状态 质谱校准/性能 酶切特异性 烷基化效率 样本质量/意外杂质 多蛋白鉴定以搜索和鉴定数千种蛋白质 以蛋白质为中心的布局 重点审查 更快速的结果验证 由创建突破性Byonic算法的同一团队开发 动态筛选功能与蛋白质导向可视化界面: 筛选功能使分析人员能够在项目创建期间(Figure 1a)和之后 (Figure 1b) 控制肽段定量。 版本5.8中的新功能-protein centric view,可在检查视图的左下角查看。 鉴定与定量动态检查 ✦ 两个案例研究:NIST MAM对比研究 Figure 2a:来自四个不同实验室的四台不同仪器在四种不同条件下([(1) 参考条件,(2) pH条件,(3) 加标条件,(4) 未知条件])检测的样本中,所有已鉴定蛋白质的归一化XIC面积总和。数据显示,各台仪器检测到的NIST mAb重链(绿色)和轻链(蓝色)的相对含量较为相似。值得注意的是,在实验室A-2的pH条件样本和实验室B-1至B-4的样本中,均检测到肉眼可见量的HCPs。 Figure 2b:样本中已鉴定的低丰度HCPs的归一化XIC面积总和的放大堆叠柱状图。自动生成的报告支持全蛋白质组的蛋白质鉴定,并提供简洁的、以蛋白质为中心的审查功能。 Figure 3:来自5个实验室的数据集(包含4种不同条件)的检查视图,展示了使用“Match Between Runs”功能整合的XIC,以对齐20个数据集中的肽段鉴定结果并校正不同的保留时间。版本5.8中的新功能“protein centric view”,允许分析人员快速筛选和查询特定蛋白质。 检查视图与自动生成的报告相结合,通过分析质谱仪的精度和分辨率以及酶切效率,可快速评估样本制备质量。 Dashboards界面支持对 HCPs的深度查询监控 ✦ Dashboards对生物制药研发全流程中的HCPs水平进行动态监控,涵盖从早期细胞系开发到生物工艺优化、抗体纯化,直至向FDA提交新药申请,以及最终的药物纯度验证和细胞治疗样本特征分析的各个阶段。 Figure …
MPQ模块在宿主细胞蛋白(HCP)表征中的进展 Read More »