November 2023

使用 Byos 软件的自动标记功能 提高数据审查效率 序列变异体和翻译后修饰分析 特此感谢： – Protein Metrics Research & Development and Customer Success Teams, Cupertino, CA, U.S.A 摘要 •    本文集阐述了：如何使用 Byos 软件来提高生物治疗药物表征工作中，LC-MS/MS分析数据的审查效率。 •    对于 Byos 中的序列变异体和翻译后修饰分析，我们在此展示了自动注释生成功能，进而表明了分配数据的置信水平。 •    借助这些注释，审查者可以快速列出真实的阳性结果，排除错误的数据，并将其工作重点放在需要审查的数据上。 •    此外，这些注释可以提高数据审查的一致性，因为每个项目都以相同的方式进行处理，使用自动标记来处理类似问题。 简介 近年来，数据分析在自动化方面取得了巨大进步，但有时仍然需要手动管理数据。数据审查通常比较枯燥乏味且耗时甚巨，并且可能会根据针对样本的解释引入诸多变数。为了节省时间并消除不同分析人员造成的差异，应迅速排除基于已知误读造成的错误识别。 在本文集中，我们展示了 Byos 如何根据专有的 2 个既定workflow-序列变异体分析和翻译后修饰分析而设计的决策树自动标记结果。结果标记中有任何关键问题，任何未显示问题的数据均标记为问题已清除。我们将这些标签称为“验证器”，它们可用于提高数据分析的效率。 生物治疗药物生产过程中发生的意外氨基酸置换、插入和缺失（序列变异体）可能会导致最终产品中出现杂质。序列变异体的检测和表征非常具有挑战性，因为他们通常在产品中的表达水平较低。这可能需要花费数小时的时间进行手动数据检查，从而对检测结果进行验证。使用 Byos 序列变异体验证器，可以简化排除误报和验证真实标识的过程。 此外，生物治疗产品翻译后修饰的表征对于了解其功效和稳定性至关重要。对于降解研究，例如本文集中示例的分析样品，经常要对不同应力条件下的修饰进行比较，以评估产品稳定性。在此过程中，通常会检测到氧化和脱酰胺。翻译后修饰的数据审查也可以使用 Byos 修饰验证器进行数据简化。 实验条件 对NIST Mab 的对照样品和应激样品进行还原、烷基化并用胰蛋白酶进行酶切。 Byos 包括 SVA 和 PTM 分析的workflow，并且这些workflow已经包含序列变异体分析和翻译后修饰的典型修改。 以 Byos 工作流程为基础，用户可以根据不同的需求（例如不同的仪器配置或理论的修饰类型）进行自定义设置。SVA 工作流程预先配置了单氨基酸突变/错误翻译的所有预期序列变异体。如果需要，也可以轻松添加其他修饰。 …

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序列变异体(SVA) 分析应用指南 Protein Metrics – Customer Success Team 简介 几乎所有治疗蛋白质数据集都会包括质谱数据，其中均包括肽图分析，在一定浓度下，这些肽与数据库中对应的肽段序列对比，可能会存在实际与理论的序列不一致的情况。序列变异体可能是由宿主细胞系中的突变或错误翻译、生物反应器进料问题或正常生物噪音引起的。搜索序列变异体特别具有挑战性，因为在此过程中可能存在大量的氨基酸取代，并且许多质量增量与翻译后修饰和样品制备伪影导致的质量增量完全相同或大致相同。在本应用说明中，我们展示了如何搜索和量化生物治疗药物中的序列变异体。 序列变异体分析旨在识别和量化所有变异肽，直至所占百分比极小的“野生型”（天然或预期序列）对应物。由于治疗蛋白质的蛋白质数据库非常小，通常只有产品加上胰蛋白酶或其他消化酶和诱饵，因此 Byonic 运行时间并不是问题所在。我们也可以在几分钟内搜索所有可能的单-AA-置换肽。其挑战在于区分相对罕见的真实序列变异体和误报结果。 本技术说明介绍了如何使用 ByosTM（传统 ByonicTM 和 Byologic®）确定 MS/MS 数据中的 SV，其中还总结了最佳序列变异体 Byonic 搜索的最佳实践注意事项。请注意，搜索的质量在很大程度上取决于质谱分析的质量，因此本文中还会提到 MS 分析技巧。 摘要 执行 Byos SVA 工作流程 分析技巧 o   酶切设置 o   修饰、聚糖和输入设置 配置工作流程 检查结果 o   使用 Byos 消除明显的假阳性结果 o   检查 MS1 和 XIC o   检查 MS2 o   其他提示 生成报告 执行 Byos SVA …

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