March 2020

    2020年以来，新型冠状病毒肆虐，3月11日，世界卫生组织宣布新型冠状病毒疫情已构成全球大流行。新冠病毒从发现之初，全世界科学家就开始密切关注其特性，希望能够早日对抗病毒。与新型冠状病毒致病性相关的Spike蛋白是一个高度糖基化蛋白，与病毒的侵染细胞的功能密切相关，面对高度糖基化的病毒，有科学家认为疫苗的研制也可能会因此更加的困难。     PMI的用户中不乏对糖基化研究精通的科学家，今天小编为大家介绍的就是Max Crispin课题组对新型官病毒S蛋白进行的深入的糖基化分析。     SARS-CoV-2的S糖蛋白共具有22个理论N-糖基化位点，文章中对这22个糖基化位点的修饰信息进行了定性和定量的研究。     新冠病毒的22个糖基化位点在该研究中全部发现是具有糖基化的，包括高甘露糖型，杂合型，复杂型N糖链。不同的糖基化位点也观察到其糖链修饰具有不同的特征，SARS-CoV-2上有10个位点包含大量高甘露糖型的N糖链，这与之前SARS-CoV-1 S蛋白糖基化研究的结果类似，显示了冠状病毒糖基化修饰的保守性。其余12个位点以加工过的复杂型糖链为主，其中S蛋白上的岩藻糖基双天线型结构与哺乳动物的糖蛋白结构非常类似。同时，与HIV Env和LASV GPC在内的其他病毒糖蛋白相比，SARS-CoV-2 S蛋白的糖基化程度较低，并且糖基化修饰形成的屏蔽少得多，这可能有利于诱导有效的中和抗体。     文章进一步结合SARS-CoV-2 S蛋白的三聚体Cryo-EM结构将糖基化状态映射到模拟的三维结构上，揭示了SARS-CoV-2表面糖基化修饰的分布，并根据糖链的甘露糖比例不同进行了着色。     通过上述文章的数据我们也看到了SARS-CoV-2 S蛋白的糖基化修饰的具体的种类，含量，及分布。从糖基化修饰的分析我们也看到相对于一些糖基化水平更高的病毒，SARS-CoV-2的抗体及疫苗研制会相对成功率更高，让我们可以有更大的信心战胜新冠病毒。如果您有兴趣进一步了解文章的内容，请点击“阅读原文”到biorxiv阅读文献吧！     如果您正在进行糖基化蛋白的相关研究，欢迎您在我们公众号登记信息，使用同款软件进行糖基化研究哦！

本期Protein Metrics Insights的主要内容： 介绍MS/MS搜索结果中一个重要但鲜为人知的分值Delta Mod score（文末有彩蛋）; 展示Feature Finder的新用户界面。 1. 高级功能 Delta Mod Score 当分析翻译后修饰，序列突变，二硫键或其他肽段可变修饰时，关于肽段序列修饰位置的置信度这类有价值的信息记录在Delta Mod. Score值中。Delta Mod. Score的定义是MS/MS图谱中不同修饰匹配分数最高值与次优匹配的差值。在实际应用中，一个肽段有两个可能的修饰位点，Delta Mod. Score分值高或低表示在确定位点的修饰可信度。可信度由两个可能位点得到的MS/MS碎片离子的分布决定。 例如，FNWYVDGVEVHNAK肽段有两个天冬酰胺残基，因此有两个可能的脱酰胺可变修饰位点。在下面的MS/MS ID和谱图中，Byonic 显示脱酰胺修饰位点在第一个天冬酰胺残基上(FN[+1]WYVDGVEVHNAK)。 Delta Mod. Score的值的区间范围为0到肽段的打分值。从结果列表中，我们可以看出Delta Mod. Score等于肽段的打分值，已经达到该值可能的最高值。这表明该修饰位点的可信度非常高。在上面的谱图里可以找到有力的证据表明第一个天冬酰胺脱酰胺化了，而不是第二个天冬酰胺。这是由谱图上两个位点之间的片段佐证，即从y4到y12和b3到b11。 相比之下，下面的例子是一个含有三个天冬酰胺残基的肽段，这里MSMS ID的Delta Mod. Score为0. 尽管第一个天冬酰胺残基和第二个天冬酰胺残基之间有碎片离子，但是第二个天冬酰胺残基和第三个天冬酰胺残基之间没有碎片离子。因此这个修饰位置不可信，脱酰胺化可能发生在第二个天冬酰胺残基和第三个天冬酰胺残基之间，但是谱图中找不出相关证据。值得注意的是：这并不表示是假阳性的ID。这个肽段的脱酰胺化是毫无疑问的，只是不确定肽段序列上哪些位点发生了脱酰胺化。 Delta Mod Score在序列变异分析中是一个非常有用的数值，尤其是对于有多个可能修饰位置的肽段来说尤其重要。在Byos肽谱分析工作流、Byonic Viewer和Byologic项目中都能计算Delta Mod Score。 如果大家想了解更多关于Delta Mod Score干货，请扫描下面二维码报名4月9号（周四）下午2点的网络会议，听Protein Metrics中国技术专家在线解读。报名成功后，会收到Cisco Webinar链接。 2. 新功能展示 V3.7 中Feature Finder的新用户界面 最近发布的V3.7版本中更新了肽谱分析中Feature Finder算法的使用界面。 Feature Finder扫描一个样品中所有可能的肽段信号的MS1信息。使用Feature Finder能够确保所有峰都会监测到，包括没有被MS/MS鉴定到的峰和in-silico peptides方法鉴定到的峰。Feature …

网络会议预告: Byos对修饰肽段打分及Feature Finder Read More »

本期Protein Metrics Insights的主要内容： 介绍MS/MS搜索结果中一个重要但鲜为人知的分值Delta Mod score（文末有彩蛋）; 展示Feature Finder的新用户界面。 1. 高级功能 Delta Mod Score 当分析翻译后修饰，序列突变，二硫键或其他肽段可变修饰时，关于肽段序列修饰位置的置信度这类有价值的信息记录在Delta Mod. Score值中。Delta Mod. Score的定义是MS/MS图谱中不同修饰匹配分数最高值与次优匹配的差值。在实际应用中，一个肽段有两个可能的修饰位点，Delta Mod. Score分值高或低表示在确定位点的修饰可信度。可信度由两个可能位点得到的MS/MS碎片离子的分布决定。 例如，FNWYVDGVEVHNAK肽段有两个天冬酰胺残基，因此有两个可能的脱酰胺可变修饰位点。在下面的MS/MS ID和谱图中，Byonic 显示脱酰胺修饰位点在第一个天冬酰胺残基上(FN[+1]WYVDGVEVHNAK)。 Delta Mod. Score的值的区间范围为0到肽段的打分值。从结果列表中，我们可以看出Delta Mod. Score等于肽段的打分值，已经达到该值可能的最高值。这表明该修饰位点的可信度非常高。在上面的谱图里可以找到有力的证据表明第一个天冬酰胺脱酰胺化了，而不是第二个天冬酰胺。这是由谱图上两个位点之间的片段佐证，即从y4到y12和b3到b11。 相比之下，下面的例子是一个含有三个天冬酰胺残基的肽段，这里MSMS ID的Delta Mod. Score为0. 尽管第一个天冬酰胺残基和第二个天冬酰胺残基之间有碎片离子，但是第二个天冬酰胺残基和第三个天冬酰胺残基之间没有碎片离子。因此这个修饰位置不可信，脱酰胺化可能发生在第二个天冬酰胺残基和第三个天冬酰胺残基之间，但是谱图中找不出相关证据。值得注意的是：这并不表示是假阳性的ID。这个肽段的脱酰胺化是毫无疑问的，只是不确定肽段序列上哪些位点发生了脱酰胺化。 Delta Mod Score在序列变异分析中是一个非常有用的数值，尤其是对于有多个可能修饰位置的肽段来说尤其重要。在Byos肽谱分析工作流、Byonic Viewer和Byologic项目中都能计算Delta Mod Score。 如果大家想了解更多关于Delta Mod Score干货，请扫描下面二维码报名4月9号（周四）下午2点的网络会议，听Protein Metrics中国技术专家在线解读。报名成功后，会收到Cisco Webinar链接。 2. 新功能展示 V3.7 中Feature Finder的新用户界面 最近发布的V3.7版本中更新了肽谱分析中Feature Finder算法的使用界面。 Feature Finder扫描一个样品中所有可能的肽段信号的MS1信息。使用Feature Finder能够确保所有峰都会监测到，包括没有被MS/MS鉴定到的峰和in-silico peptides方法鉴定到的峰。Feature …

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