New Year’s Greetings from Protein Metrics
福鼠呈祥 恭喜发财 万事如意
January 2020
Byos中自动化分析报告和序列变异体数据验证
本期Protein Metrics Insights，我们将介绍： 1) 利用Byos基本和高级报告功能灵活定制报告； 2) 利用SV auto-comment功能自动验证。 1. 报告功能 Byos系统默认的分析流程(Workflow)已经配置了该Workflow下适合用户的报告。用户可以在此基础上根据自身需求和其客户的要求而进行定制化报告并将定制化后的报告存为报告模板，以便重复应用在以后的项目中。 日常分析中在Byos中创建项目后，报告会自动生成，并且在Byos界面中显示成一个标签页(Tab)。报告的形式可以根据实际需求进行定制。 一个完整的报告分成多个标签页(Tab)。第一个Tab为分析结果的总结(Summary)。在Peptide Workflow中，默认的Summary页中包含蛋白覆盖率(protein coverage)、创建项目时设定的项目选项(project creation options)、用于鉴定的检索参数、 原始数据文件存储位置和输出结果的存储位置等信息。点击菜单栏Edit→Current tab settings，然后点击“Edit summary template”，用户可以对该Summary页进行自定义修改，如删除该视图中的文本和短代码(Short Codes)或对视图的信息进行重新排序（见下图）。 对于高级用户，这个编辑器支持使用基本的html标签(Html Tag)。例如，用户在Summary 页的顶部输入<h2>Study conclusion</h2>，添加Study conclusion为二级标题。 其余页面的数据透视表(Pivot Table)可以用不同的方法进行配置。点击“show configuration”按钮，用户可以个性化地定制在报告中显示哪些内容。 点击“show configuration”后，左边的两列是可定制的部分。最左的一列显示的是允许用户添加到Pivot Table中的可选字段(Field)。第二列显示的是实际在报告中显示的字段。如果需要从最左边选择某个字段添加到表中，点击该字段按钮，然后拖至第二列即可完成。如需将某个当前显示的列从表中移除，只需在第二列中将该字段拖动至最左列。 …
蛋白的C-端Cleavage分析和新功能发布
本期Protein Metrics Insights中， 我们将介绍利用Byonic的cleavage flags功能定义蛋白的C-末端赖氨酸剪切(protein C-term Lysine clipping)，也将展示升级到最新版本后全新的Intact使用界面。 1. 高级功能 Cleavage Flags 我们经常碰到这样的问题：用户是否需要在Byonic中将蛋白的C-端赖氨酸剪切设定成一种修饰？ 是否需要完全取决于用户想如何在报告中显示赖氨酸剪切。 Byonic默认搜索所有蛋白质链N端和C端的单个残基剪切。如果用户在不定义任何修饰的情况下进行全部特定修饰检索(fully-specific search)，Byonic会同时鉴定剪切和未剪切的末端肽段。例如，在默认全胰蛋白酶检索中，以下两种结果会同时出现。 K.SLSLSPGK.- K.SLSLSPG.K 它们都会显示在野生型肽段的匹配结果中。用户可以在Byologic的报告中创建一个专门的表格，查看这两种肽段的相对丰度（见下图）。 在上表中，需要注意的是Sequence(unformatted)所在的列添加了筛选功能，因而仅显示选中的两个肽段。用户还可以使用“IsCterm“动态返回列来自动筛选出C-端肽段，无需要手动选择相应的序列。 另一种方法是将赖氨酸酶切设置为”Lys-loss/ -128.094963 @ Protein CTerm K”修饰。采用这种方法时，用户还需要关闭自动搜索单残基剪切的功能。关闭该功能是由Byonic中的“cleavage_flags”命令行来实现。只需在下图中的自定义修饰文本框中输入以下命令： % Custom modification text below cleavage_flags=0 这时赖氨酸缺失(Lys-loss)会被认为是一种修饰，以下两种肽段会被鉴定出来。 K.SLSLSPGK.- K.SLSLSPGK[-128].- 因为赖氨酸缺失是被修饰的肽段，用默认的PTM报告模板生成的报告中会非常直观地显示该肽段的信息（见下图）。 如果用户想更进一步检索C端的甘氨酸缺失和酰胺修饰(Gly-loss+Amide/-58.005479)，有以下两种方法可以实现。 1）如果使用cleavage_flags=0命令行，同时Lys-loss设置为“variable-common1”修饰，然后将 Gly-loss+Amide设置为“variable-rare1”修饰，那么系统会同时检索两种修饰。结果报告中的肽段ID为K.SLSLSPG[-58]K[-128].-。 2）如果不使用cleavage_flags=0命令行，设置Gly-loss+Amide为“variable- rare1“修饰，那么结果报告中的肽段ID为K.SLSLSPG[-58].K。 2. 新功能展示 您希望更方便地输入蛋白质的详细信息吗？我们采纳用户的反馈意见，在混合链(combining chains)、二硫键数目的设置(defining the number of disulfide bonds)、Considering clipped species、常见修饰残基的设置、原子量的设定(specifying atomic weights)和生物聚合物类型(DNA, RNA和蛋白)的选择等进行了优化。现在，您可以使用Byos分析寡核苷酸。以下是新版本中完整分子量（Intact）模块里蛋白信息输入的操作界面截图。 …