天冬氨酸异构化的定量及糖链分析流程
Protein Metrics Insights本月起上线了！Insights将为大家介绍一些比较广泛关注的关于软件使用的问题。本期Protein Metrics Insights中，我们将讨论如何对异构化的天冬氨酸进行定量，这也是生物制药表征中的关键质量属性，并介绍了Byos中新上线的游离糖链分析流程。 天冬氨酸异构化的定量 天冬氨酸（Asp，D）和异天冬氨酸（isoAsp，isoD）残基在CID或HCD碎裂模式下是不可区分的， ETD的碎裂模式下，Byonic和Byos可以通过自动识别特征离子z-57和c+57对其进行注释。通常具有D和isoD的肽段在软件中是以同一个Wildtype（未修饰的）肽段的形式显示的，为了计算异构化的相对量，需要将异构的肽段通过保留时间区分并进行定量。 目前在Byos中有手动，半自动和全自动方法来计算每种异构体的相对含量（％PTM），所有这些方法都涉及为含有isoD的肽段创建新肽段并对其进行标记，这样就能够在报告中生成相对百分含量。 下面我们将介绍天然Asp残基的异构化（D→isoD）定量过程，对于Asn脱酰胺形成的异构化的定量（N→D或N→isoD），请参阅我们网站上的应用文献——“PTM Analysis: Asparagine Deamidation Quantified by Byologic”。 半自动化方法 Byos（或Byologic）默认可以检测到多肽XIC中有多个洗脱峰，多个XIC被称为XIC Proposals。XIC Plots视图中可以对XIC Proposals栏进行选择，并得到如下的视图： 操作人员可以在Peptides表中右键单击相应的肽段，然后单击Apply applied XIC splits。这将创建一个新的in-silico肽，并且肽段的XIC自动按照XIC Proposals设置。为了区分D和isoD异构体，将Label添加到新创建的肽中，例如，“isoD”。 全自动方法 当Wildtype肽段显示多个洗脱窗口并且序列中含有预定义的motif（例如DG，DS）时，Byos/Byologic可以自动创建新肽段并将异构体体标记为“isoD”。自动拆分和加入标签需要在项目创建时输入如下Advanced commands 。 [Byologic] AutoSplitPeptides = DG | DS | DD AutoSplitPeptidesLabels …