抗体从头测序在生物制药行业的应用范围从发现新的抗体候选药物，到鉴定用于研究的试剂，以及确定用于生物仿制药开发的创新产品的一级结构过程中都是极其重要的。并且，抗体分子本身的一级结构，特别是其CDR区域的氨基酸序列是发挥其生物学功能的核心，对其完整序列准确快速的分析具有十分重要的意义。
在过去，Edman降解以及Edman降解与质谱法的结合已经普遍地用于确定完整的蛋白质序列。如今，有许多算法和软件包可用于在肽水平上基于纯质谱的从头测序，这些算法使用MS/MS碎片数据和每个肽的前体离子质量的组合来预测推定的肽序列。同时，一些软件包通过将从头测序的肽段信息与蛋白质组数据库搜索相结合，能够将已识别的肽段匹配到同源序列上，从而完成蛋白的从头测序的工作。
然而，抗体序列的多样性对上述肽从头测序和数据库匹配策略提出了更高的要求。不同的抗体序列针对特定抗原都会进行微调，来最大限度地提高蛋白质与蛋白质间相互作用。并且，每个免疫反应都会产生独特的序列，而这些序列在蛋白质组数据库中无法得到注释。
今天，小编为大家带来了Symphogen公司首席科学家：Dan Bach Kristensen在抗体从头测序中的实际案例。案例中使用了单克隆抗体从头自动测序的新算法Supernovo™（Protein Metrics Inc.）。该算法中囊括了肽从头测序、蛋白质组数据库搜索、抗体编码外显子的计算机重组以及从已识别肽的最终序列组装的组合，以自下而上的蛋白质组学策略对单克隆抗体进行自动测序。
随着质谱仪在分辨率和质量精度方面的进步，以及对电喷雾电离和碎裂技术的改进，使科学家能够使用软件和手动解释相结合的方式进行蛋白质从头测序。
然而，通量仍然是一个挑战，特别是在时间限制是主要问题的生物制药行业。随着完全自动化和强大工具的可用性（supernovo），从头测序现在已经可以在表征研究中作为常规研究方法。
参考文献：
Sen, K Ilker etal. “Automated Antibody De Novo Sequencing and Its Utility inBiopharmaceutical Discovery.” Journal of the American Societyfor Mass Spectrometry vol. 28,5 (2017): 803-810.doi:10.1007/s13361-016-1580-0
